Hóa Đơn Đầu Vào Có Dấu Hiệu Rủi Ro – Doanh Nghiệp Cần Kiểm Tra Những Gì?

Không phải mọi hóa đơn bị cảnh báo đều đã được xác định là hóa đơn không hợp pháp. Tuy nhiên, việc hóa đơn có mã của cơ quan thuế hoặc đã được ghi sổ cũng không tự động chứng minh giao dịch có thật và đáp ứng đầy đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT, tính chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN.

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ cảnh báo rủi ro, sai sót thông tin hóa đơn và hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp. Mỗi trường hợp có căn cứ đánh giá và phương án xử lý khác nhau.

1. Hóa đơn đầu vào có dấu hiệu rủi ro là gì?

Trong hoạt động kế toán, doanh nghiệp có thể phát hiện bất thường từ việc đối chiếu chứng từ, thông tin nhà cung cấp, kết quả tra cứu hóa đơn hoặc thông báo của cơ quan thuế.

Cụm từ “hóa đơn đầu vào có dấu hiệu rủi ro” thường được sử dụng để mô tả những trường hợp cần xác minh thêm. Không nên mặc định đây là một kết luận pháp lý về tính hợp pháp của hóa đơn.

1.1. Phân biệt cảnh báo rủi ro và hóa đơn không hợp pháp

Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định cơ chế đánh giá tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế.

Việc đánh giá mức độ rủi ro của người nộp thuế phục vụ hoạt động quản lý của cơ quan thuế. Kết quả này cần được phân biệt với việc xác định một hóa đơn cụ thể thuộc trường hợp sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn theo pháp luật xử phạt.

Đối với hóa đơn, chứng từ, các hành vi liên quan được quy định tại Điều 4 văn bản hợp nhất số 27/2026/VBHN-NĐ-BTC ngày 27/08/2026.

Do đó, doanh nghiệp cần xác định rõ căn cứ của từng thông tin nhận được trước khi quyết định xử lý.

Căn cứ: Thông tư 94/2026/TT-BTC – Chính phủ.

1.2. Bốn tình trạng cần phân biệt khi kiểm tra hóa đơn

Bảng trên là cách phân loại phục vụ kiểm soát nội bộ, không phải hệ thống phân loại pháp lý do một văn bản quy phạm pháp luật ban hành.

Doanh nghiệp không nên tự gộp tất cả trường hợp vào trạng thái “hóa đơn không hợp lệ”.

1.3. Hóa đơn có mã của cơ quan thuế có thể phát sinh rủi ro không?

Có. Mã của cơ quan thuế là thông tin đối với hóa đơn điện tử thuộc trường hợp sử dụng hóa đơn có mã.

Tuy nhiên, theo nguyên tắc lập hóa đơn tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP, hóa đơn phải phản ánh trung thực nội dung nghiệp vụ kinh tế phát sinh.

Điều 4 văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC cũng quy định trường hợp hóa đơn ghi nhận việc mua bán hàng hóa, dịch vụ không có thật một phần hoặc toàn bộ là hành vi sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ.

Vì vậy, sự tồn tại của hóa đơn trên hệ thống không thay thế việc kiểm tra giao dịch thực tế.

Cảnh báo hóa đơn rủi ro không tự động đồng nghĩa hóa đơn đã bị kết luận không hợp pháp.

2. Bảy nội dung cần kiểm tra khi phát hiện hóa đơn đầu vào rủi ro

Doanh nghiệp nên tổ chức việc kiểm tra theo một chuỗi thông tin thống nhất thay vì chỉ tra cứu số hóa đơn rồi đưa ra kết luận.

2.1. Xác minh nguồn cảnh báo

Trước tiên, cần xác định thông tin bất thường đến từ đâu.

Nguồn thông tin có thể là thông báo của cơ quan thuế, kết quả tra cứu, dữ liệu kiểm tra nội bộ hoặc cảnh báo của phần mềm.

Doanh nghiệp cần ghi nhận tên nhà cung cấp, mã số thuế, số và ký hiệu hóa đơn, ngày lập, nội dung cảnh báo và tài liệu làm căn cứ.

Nếu là văn bản của cơ quan thuế, cần kiểm tra số văn bản, đơn vị ban hành, phạm vi yêu cầu và thời hạn thực hiện.

Nếu chỉ là thông tin được chia sẻ qua mạng xã hội hoặc bên thứ ba, phải xác minh lại từ nguồn chính thức trước khi sử dụng làm căn cứ kết luận.

2.2. Kiểm tra dữ liệu hóa đơn điện tử

Khi tra cứu hóa đơn, cần đối chiếu những chỉ tiêu phù hợp với loại hóa đơn:

• Thông tin người bán và người mua.
• Mã số thuế.
• Ký hiệu mẫu số, ký hiệu và số hóa đơn.
• Ngày lập hóa đơn.
• Mã cơ quan thuế đối với hóa đơn có mã.
• Tên hàng hóa, dịch vụ.
• Số lượng, đơn giá và thành tiền.
• Thuế suất và tiền thuế GTGT nếu thuộc trường hợp phải thể hiện.
• Hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế có liên quan.

Việc tra cứu cần thực hiện qua hệ thống chính thức của cơ quan thuế hoặc kênh cung cấp thông tin được phép sử dụng.

Kết quả cần được đối chiếu với dữ liệu hóa đơn doanh nghiệp thực tế tiếp nhận, không chỉ với bản in hoặc ảnh chụp.

Trường hợp không tra cứu được, chưa có đủ căn cứ để kết luận hóa đơn là giả. Cần kiểm tra lại dữ liệu đầu vào, loại hóa đơn và yêu cầu người bán xác minh khi cần.

>> Xem thêm: Tra cứu hóa đơn điện tử – Cách kiểm tra nhanh, chuẩn xác

2.3. Xác định tình trạng nhà cung cấp tại thời điểm giao dịch

Doanh nghiệp cần kiểm tra thông tin nhà cung cấp và những mốc thời gian có liên quan.

Các mốc cần lưu ý gồm ngày ký hợp đồng, ngày giao hàng hoặc hoàn thành dịch vụ, ngày lập hóa đơn và ngày cơ quan thuế xác định người bán không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký nếu có.

Điểm e khoản 1 Điều 4 văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC quy định trường hợp hóa đơn có ngày lập từ ngày cơ quan thuế xác định bên bán không hoạt động tại địa chỉ kinh doanh đã đăng ký.

Điểm g khoản 1 cùng điều khoản quy định đối với hóa đơn lập trước thời điểm xác định hoặc khi chưa có thông báo, nhưng cơ quan thuế, cơ quan công an hoặc cơ quan chức năng khác đã có kết luận đó là hóa đơn không hợp pháp.

Vì vậy, việc kiểm tra đúng ngày và căn cứ xác định tình trạng nhà cung cấp có ý nghĩa trực tiếp đến việc đánh giá hóa đơn.

2.4. Kiểm tra hàng hóa, dịch vụ có thực tế phát sinh

Doanh nghiệp cần đối chiếu nội dung hóa đơn với hoạt động mua hàng hoặc sử dụng dịch vụ.

Đối với hàng hóa, tài liệu có thể gồm hợp đồng, đơn đặt hàng, vận đơn, phiếu nhập kho, biên bản giao nhận và dữ liệu sử dụng hàng hóa.

Đối với dịch vụ, có thể đối chiếu phạm vi công việc, tài liệu triển khai, kết quả thực hiện và chứng từ xác nhận tương ứng.

Đây là những tài liệu kiểm tra theo bản chất nghiệp vụ. Không phải mọi giao dịch đều bắt buộc phải có cùng một bộ chứng từ hoặc cùng một mẫu biên bản.

Những tài liệu được sử dụng phải phản ánh hoạt động thực tế, không được lập giả để hoàn thiện hồ sơ.

2.5. Kiểm tra hợp đồng và chứng từ thanh toán

Doanh nghiệp cần đối chiếu các điều khoản về giá trị, thời điểm giao nhận, điều kiện thanh toán và chủ thể nhận tiền.

Trường hợp thanh toán cho bên thứ ba, phải kiểm tra điều kiện pháp lý và chứng từ tương ứng.

Theo Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, một số trường hợp thanh toán ủy quyền, bù trừ hoặc cấn trừ công nợ qua bên thứ ba được quy định cụ thể về hợp đồng và chứng từ.

Không phải mọi khoản tiền thanh toán cho bên thứ ba đều đương nhiên đáp ứng điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt.

Đồng thời, chứng từ thanh toán không thay thế việc chứng minh giao dịch hàng hóa, dịch vụ thực tế phát sinh.

2.6. Đối chiếu với sổ kế toán và hồ sơ khai thuế

Doanh nghiệp cần xác định hóa đơn đã được xử lý đến bước nào.

Các nội dung quan trọng gồm tình trạng ghi nhận công nợ, hàng tồn kho, tài sản hoặc chi phí; việc kê khai thuế GTGT đầu vào; số liệu ảnh hưởng đến thuế TNDN và các kỳ kế toán liên quan.

Một hóa đơn đang chờ kê khai có phạm vi ảnh hưởng khác với hóa đơn đã được sử dụng để khấu trừ thuế hoặc ghi nhận giá vốn ở kỳ trước.

Việc đánh giá phải dựa trên khoản mục, kỳ và hồ sơ thực tế.

2.7. Tổng hợp kết quả kiểm tra

Sau khi rà soát, doanh nghiệp nên tổng hợp kết quả theo từng hóa đơn hoặc nhóm giao dịch.

Nội dung tổng hợp cần nêu căn cứ cảnh báo, kết quả tra cứu, tài liệu đã kiểm tra, điểm chưa rõ và tình trạng kê khai.

Có thể phân loại thành: chưa phát hiện sai sót trong phạm vi kiểm tra, cần bổ sung thông tin hoặc có căn cứ xác định sai sót.

Đây là kết quả kiểm tra nội bộ, không thay thế quyết định hoặc kết luận của cơ quan có thẩm quyền.

3. Nhà cung cấp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký: Hóa đơn xử lý thế nào?

Đây là tình huống phải xem xét chính xác mốc thời gian và căn cứ pháp lý.

Không nên sử dụng chung một kết luận cho hóa đơn lập trước và sau ngày cơ quan thuế xác định tình trạng của nhà cung cấp.

3.1. Hóa đơn lập từ ngày cơ quan thuế xác định người bán không hoạt động

Điểm e khoản 1 Điều 4 văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC quy định hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ có ngày lập từ ngày cơ quan thuế xác định bên bán không hoạt động tại địa chỉ kinh doanh đã đăng ký thuộc trường hợp sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp.

Khi phát hiện hóa đơn thuộc trường hợp này, doanh nghiệp cần kiểm tra thông tin chính thức xác định thời điểm, đối chiếu ngày lập hóa đơn và đánh giá ảnh hưởng đối với hồ sơ đã sử dụng.

Việc xử lý kế toán, thuế và trách nhiệm pháp lý phải căn cứ vào tình huống cụ thể cùng quy định có liên quan.

Không nên tiếp tục sử dụng hóa đơn như chứng từ hợp lệ chỉ vì đã có bản lưu trong phần mềm.

3.2. Hóa đơn lập trước thời điểm cơ quan thuế xác định người bán không hoạt động

Điểm g khoản 1 Điều 4 quy định trường hợp hóa đơn lập trước thời điểm xác định tình trạng không hoạt động hoặc chưa có thông báo, nhưng cơ quan có thẩm quyền đã có kết luận đó là hóa đơn không hợp pháp.

Điều này có nghĩa việc xác định tính không hợp pháp đối với trường hợp được nêu tại điểm g phải gắn với căn cứ kết luận theo quy định.

Không thể chỉ sử dụng trạng thái hiện tại của mã số thuế để tự kết luận tất cả hóa đơn lập trước đó là bất hợp pháp.

Tuy nhiên, việc hóa đơn được lập trước thời điểm nhà cung cấp bị xác định không hoạt động cũng không tự động bảo đảm hóa đơn hợp pháp.

Doanh nghiệp vẫn cần kiểm tra giao dịch và những thông tin có liên quan.

Căn cứ: Điều 4 văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC – Cổng Thông tin Chính phủ.

3.3. Nhà cung cấp đã giải thể hoặc chấm dứt hoạt động

Doanh nghiệp phải xác định thời điểm hoàn thành giao dịch, ngày lập hóa đơn và tình trạng pháp lý liên quan.

Không nên coi thông tin đã giải thể tại ngày tra cứu là căn cứ duy nhất để kết luận về một hóa đơn đã phát hành trong quá khứ.

Nếu có thông báo hoặc kết luận của cơ quan có thẩm quyền về hóa đơn, cần sử dụng tài liệu đó để đánh giá trường hợp cụ thể.

4. Chứng minh giao dịch mua hàng thực tế bằng những tài liệu nào?

Đối chiếu hóa đơn, giao nhận và thanh toán để xác minh giao dịch thực tế.

Khi phát hiện hóa đơn đầu vào rủi ro, doanh nghiệp cần tập hợp tài liệu đã phát sinh hợp pháp trong quá trình thực hiện giao dịch.

Không nên chỉ kiểm tra hóa đơn hoặc hợp đồng mà bỏ qua thông tin giao nhận, thanh toán và sử dụng hàng hóa, dịch vụ.

4.1. Doanh nghiệp thương mại

Đối với giao dịch mua hàng hóa, cần kiểm tra quá trình đặt mua, giao nhận, nhập kho và thanh toán.

Tùy tình huống, dữ liệu có thể gồm đơn đặt hàng, hợp đồng, chứng từ vận chuyển, phiếu nhập kho, sổ kho và hồ sơ thanh toán.

Nếu hàng hóa đã được bán ra, doanh nghiệp có thể đối chiếu thêm dữ liệu xuất kho và doanh thu liên quan để kiểm tra sự liên tục của dòng hàng.

Tuy nhiên, sự tồn tại của dữ liệu bán ra không tự động chứng minh mọi thông tin trên hóa đơn mua vào đều chính xác.

4.2. Doanh nghiệp sản xuất

Đối với nguyên vật liệu, cần đối chiếu thông tin mua hàng với hoạt động nhập kho, xuất sử dụng và quá trình sản xuất.

Những tài liệu có thể liên quan gồm phiếu nhập xuất, bảng theo dõi vật tư, lệnh sản xuất và dữ liệu giá thành.

Nếu nguyên vật liệu mua vào chưa được sử dụng ngay, cần xác định lượng tồn kho hoặc tình trạng thực tế khác.

Không nên kết luận giao dịch bất thường chỉ vì lượng nguyên liệu mua trong kỳ chưa tương ứng với lượng sản phẩm hoàn thành.

4.3. Doanh nghiệp sử dụng dịch vụ

Đối với dịch vụ, bộ hồ sơ cần phù hợp với nội dung được cung cấp.

Ví dụ về tài liệu có thể kiểm tra là hợp đồng, trao đổi công việc, báo cáo thực hiện, sản phẩm bàn giao hoặc tài liệu nghiệm thu nếu có.

Không mặc định mọi loại dịch vụ đều có cùng một mẫu chứng từ.

Điều quan trọng là doanh nghiệp có căn cứ hợp pháp để giải thích công việc đã được thực hiện và giá trị giao dịch được ghi nhận.

5. Hóa đơn đầu vào rủi ro ảnh hưởng đến thuế GTGT như thế nào?

Việc được khấu trừ thuế GTGT đầu vào phải dựa trên điều kiện của pháp luật thuế GTGT, không chỉ dựa trên việc hóa đơn đã được nhập vào phần mềm kế toán.

5.1. Điều kiện chứng từ và thanh toán không dùng tiền mặt

Theo Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 5 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế GTGT phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện tương ứng, trừ những trường hợp pháp luật quy định riêng.

Khoản 1 Điều 26 cũng quy định chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán không được coi là chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo nội dung điều khoản này.

Đối với giao dịch thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba, bù trừ hoặc cấn trừ công nợ, doanh nghiệp phải kiểm tra điều kiện cụ thể.

Căn cứ: Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP – Hướng dẫn của Bộ Tài chính.

5.2. Mua nhiều lần trong cùng ngày từ một người bán

Khoản 3 Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ của một người nộp thuế, mỗi lần có giá trị dưới 5 triệu đồng nhưng mua nhiều lần trong cùng ngày với tổng giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, việc khấu trừ phải đáp ứng điều kiện chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Vì vậy, doanh nghiệp không nên chỉ kiểm tra riêng lẻ từng hóa đơn mà bỏ qua các giao dịch thuộc trường hợp được quy định.

5.3. Mua trả chậm, trả góp

Điều 26 có quy định riêng đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm hoặc trả góp.

Trong trường hợp chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng, việc chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt được xem xét theo quy định tương ứng.

Nếu đến thời điểm phải thanh toán mà không có chứng từ thanh toán đáp ứng điều kiện, doanh nghiệp phải xác định nghĩa vụ kê khai điều chỉnh theo điều khoản áp dụng.

Không nên kết luận mọi hóa đơn chưa thanh toán đều không được khấu trừ.

5.4. Đáp ứng thanh toán không dùng tiền mặt đã đủ chưa?

Chưa.

Doanh nghiệp còn phải xác định hóa đơn, chứng từ hợp pháp và đáp ứng những điều kiện khấu trừ liên quan.

Nếu giao dịch không có thật hoặc hóa đơn thuộc trường hợp sử dụng hóa đơn không hợp pháp, việc đã chuyển tiền không tự động khắc phục được vấn đề.

Đồng thời, một hóa đơn bị cảnh báo nhưng chưa có căn cứ xác định sai sót cũng không nên bị tự động loại khỏi kê khai chỉ dựa trên nhận định của phần mềm.

Việc đánh giá phải dựa vào kết quả xác minh và quy định áp dụng cho giao dịch.

6. Hóa đơn đầu vào rủi ro ảnh hưởng đến thuế TNDN ra sao?

Thuế TNDN phải được xem xét riêng với thuế GTGT.

Không phải mọi khoản chi ghi nhận trên sổ kế toán đều tự động là chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế.

6.1. Những điều kiện cơ bản đối với khoản chi được trừ

Khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định các điều kiện về khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh, có đủ hóa đơn, chứng từ và đáp ứng yêu cầu thanh toán không dùng tiền mặt đối với các trường hợp thuộc phạm vi quy định.

Việc đánh giá còn phải xem xét các khoản chi không được trừ tại Điều 10 và những quy định có liên quan.

Do đó, doanh nghiệp cần kiểm tra đồng thời bản chất giao dịch, hồ sơ chứng minh và cách thức thanh toán.

Căn cứ: Nghị định 320/2025/NĐ-CP – Chính phủ.

6.2. Ngưỡng thanh toán 5 triệu đồng đối với thuế TNDN

Điểm c khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định điều kiện chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các khoản mua hàng hóa, dịch vụ và khoản thanh toán khác từng lần có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên thuộc phạm vi quy định.

Điểm c1 của khoản này cũng quy định trường hợp mua nhiều lần trong một ngày từ cùng người bán, mỗi lần dưới 5 triệu đồng nhưng tổng giá trị từ 5 triệu đồng trở lên.

Việc xác định khoản chi được trừ phải tuân thủ những điều kiện và trường hợp đặc thù tương ứng, không chỉ căn cứ số tiền của một hóa đơn riêng lẻ.

6.3. Hồ sơ thuế TNDN còn cần đối chiếu những gì?

Thông tư 20/2026/TT-BTC hướng dẫn thêm về thành phần hồ sơ đối với các khoản chi được tính vào chi phí được trừ theo phạm vi quy định.

Đối với giao dịch có dấu hiệu rủi ro, doanh nghiệp nên kiểm tra hồ sơ theo bản chất khoản chi và những yêu cầu có liên quan.

Không nên mặc định chỉ cần bổ sung một hợp đồng hoặc một chứng từ thanh toán là đủ để giải quyết mọi vấn đề về tính hợp pháp của hóa đơn.

Căn cứ: Thông tư 20/2026/TT-BTC – Chính phủ.

6.4. Một hóa đơn có thể ảnh hưởng đồng thời nhiều khoản mục

Nếu hóa đơn đầu vào đã được ghi nhận vào hàng tồn kho, sau đó hàng hóa được xuất bán, việc phát hiện sai sót có thể liên quan đến cả công nợ, giá trị hàng tồn kho, giá vốn và nghĩa vụ thuế.

Nếu hóa đơn liên quan đến tài sản cố định hoặc chi phí trả trước, cần kiểm tra thêm khoản mục khấu hao hoặc phân bổ có liên quan.

Doanh nghiệp không nên xử lý bằng cách xóa riêng hóa đơn mà chưa đánh giá ảnh hưởng đến các bút toán đã phát sinh.

7. Hóa đơn đầu vào bị sai thông tin: Khi nào điều chỉnh hoặc thay thế?

Sai thông tin hóa đơn và hóa đơn phản ánh giao dịch không có thật là hai vấn đề cần phân biệt.

Đối với trường hợp sai sót hóa đơn điện tử thuộc phạm vi áp dụng từ ngày 01/07/2026, Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định cách xử lý theo nội dung sai.

7.1. Sai tên, địa chỉ nhưng không sai các chỉ tiêu trọng yếu

Điểm a khoản 1 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định trường hợp hóa đơn sai tên, địa chỉ, số tiền bằng chữ hoặc nội dung khác nhưng không sai mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn.

Trong trường hợp này, người bán thông báo cho người mua và không phải lập lại hóa đơn.

Người bán thực hiện thông báo với cơ quan thuế theo Mẫu số 04/SS-HĐĐT theo quy định.

Doanh nghiệp không nên tự yêu cầu thay thế hóa đơn trong mọi trường hợp sai tên hoặc địa chỉ.

7.2. Sai mã số thuế, hàng hóa, giá trị hoặc tiền thuế

Điểm b khoản 1 Điều 10 quy định trường hợp hóa đơn sai những thông tin thuộc phạm vi điều chỉnh hoặc thay thế.

Người bán thực hiện theo phương án được pháp luật cho phép, bảo đảm hóa đơn mới thể hiện quan hệ với hóa đơn đã lập sai.

Trước khi điều chỉnh hoặc thay thế theo điểm b, trường hợp người mua là tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh hoặc cá nhân kinh doanh, người bán và người mua phải lập văn bản thỏa thuận ghi rõ nội dung sai, trừ các trường hợp được quy định không bắt buộc lập văn bản này.

Cần kiểm tra đúng loại hóa đơn và trường hợp áp dụng vì Điều 10 còn có những quy định riêng đối với hóa đơn từ máy tính tiền, một số hóa đơn đặc thù và những tình huống khác.

Căn cứ: Thông tư 91/2026/TT-BTC – Công báo Chính phủ.

7.3. Có được xuất hóa đơn mới để thay hóa đơn bị cảnh báo rủi ro không?

Không thể mặc định làm như vậy.

Thủ tục điều chỉnh hoặc thay thế được áp dụng khi hóa đơn thuộc trường hợp có sai sót theo quy định.

Nếu vấn đề là giao dịch không có thật hoặc sử dụng hóa đơn không hợp pháp, việc lập một hóa đơn khác không tự động làm cho giao dịch trở thành hợp pháp.

Doanh nghiệp phải xác định đúng bản chất vấn đề trước khi xử lý.

8. Bốn tình huống minh họa cách kiểm tra hóa đơn rủi ro

Các tình huống dưới đây là ví dụ giả định phục vụ hướng dẫn kiểm tra, không phải hồ sơ đã được cơ quan thuế xác minh hoặc kết luận.

Tình huống 1: Nhà cung cấp bị xác định không hoạt động sau ngày lập hóa đơn

Giả sử doanh nghiệp mua hàng và nhận hóa đơn ngày 15/03/2026.

Đến ngày 20/05/2026, cơ quan thuế xác định nhà cung cấp không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Doanh nghiệp cần đối chiếu thời điểm lập hóa đơn với thông tin chính thức và kiểm tra hồ sơ mua hàng thực tế.

Nếu hóa đơn lập trước thời điểm xác định tình trạng không hoạt động, không thể chỉ từ mốc ngày 20/05 để kết luận ngay hóa đơn thuộc trường hợp tại điểm g khoản 1 Điều 4.

Cần tiếp tục xác định có hay không kết luận của cơ quan có thẩm quyền về tính không hợp pháp của hóa đơn và những chứng cứ liên quan.

Tình huống 2: Hóa đơn có thông tin đầy đủ nhưng không xác minh được giao dịch

Giả sử doanh nghiệp ghi nhận một hóa đơn mua nguyên vật liệu nhưng không tìm thấy hồ sơ giao nhận, thông tin nhập kho hoặc dữ liệu sử dụng hàng hóa.

Doanh nghiệp cần kiểm tra lại với bộ phận mua hàng, kho và nhà cung cấp để xác định sự việc.

Việc thiếu một tài liệu chưa tự động chứng minh giao dịch không có thật.

Tuy nhiên, nếu xác định hóa đơn ghi nhận giao dịch không có thật, phải đánh giá hành vi theo quy định liên quan, không được lập chứng từ giả để hợp thức hóa.

Tình huống 3: Hóa đơn sai mã số thuế người mua

Giả sử giao dịch có thật nhưng hóa đơn ghi sai mã số thuế người mua.

Đây là trường hợp cần xem xét xử lý sai sót theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC đối với hóa đơn thuộc phạm vi áp dụng.

Doanh nghiệp cần phối hợp với người bán để kiểm tra thủ tục điều chỉnh hoặc thay thế và hồ sơ thỏa thuận theo quy định.

Không tự ý sửa dữ liệu hóa đơn điện tử đã phát hành hoặc lập hóa đơn mới không đúng thủ tục.

Tình huống 4: Giao dịch đã thanh toán nhưng thiếu chứng cứ về dịch vụ

Giả sử doanh nghiệp có hóa đơn dịch vụ và chứng từ chuyển khoản nhưng thiếu tài liệu thể hiện công việc đã thực hiện.

Cần kiểm tra hợp đồng, nội dung yêu cầu, trao đổi triển khai và kết quả dịch vụ đã bàn giao.

Không thể tự kết luận dịch vụ không có thật chỉ vì chưa tìm thấy biên bản nghiệm thu.

Ngược lại, cũng không thể coi chứng từ thanh toán là đủ để xác nhận mọi nghĩa vụ về hóa đơn và thuế đã được đáp ứng.

9. Đã kê khai hóa đơn đầu vào rồi mới phát hiện rủi ro thì làm gì?

Doanh nghiệp cần xác định rõ cảnh báo đang ở giai đoạn nào trước khi quyết định có phải thực hiện khai bổ sung.

9.1. Chưa có căn cứ xác định hồ sơ khai thuế sai

Nếu mới nhận cảnh báo và chưa xác định sai sót, doanh nghiệp cần kiểm tra tài liệu, theo dõi kết quả xác minh và thực hiện yêu cầu hợp pháp của cơ quan thuế nếu có.

Không nên tự động kê khai điều chỉnh giảm chỉ vì phần mềm xuất hiện cảnh báo.

Tuy nhiên, cũng không nên bỏ qua thông báo hoặc coi việc chưa có kết luận là bảo đảm hóa đơn chắc chắn hợp pháp.

9.2. Đã xác định hóa đơn có sai sót thông tin

Doanh nghiệp cần phối hợp xử lý hóa đơn theo quy định áp dụng và đánh giá tác động đến hồ sơ khai thuế.

Không phải mọi trường hợp điều chỉnh, thay thế hóa đơn đều có cùng cách xác định kỳ kê khai.

Việc kê khai thực hiện theo bản chất sai sót và các quy định tương ứng.

9.3. Đã xác định hồ sơ khai thuế sai

Trường hợp có căn cứ xác định số liệu đã kê khai không đúng, doanh nghiệp cần xác định kỳ thuế, chỉ tiêu bị ảnh hưởng và nghĩa vụ khai bổ sung theo quy định.

Đồng thời phải xem xét số thuế còn phải nộp, tiền chậm nộp và các nghĩa vụ khác nếu phát sinh.

Không nên thực hiện điều chỉnh tùy ý vào kỳ hiện tại thay cho việc xác định nghĩa vụ đối với kỳ có sai sót.

Căn cứ: Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

10. Khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình hóa đơn đầu vào, cần chuẩn bị gì?

Doanh nghiệp cần đọc đầy đủ yêu cầu của cơ quan thuế trước khi tập hợp hồ sơ.

Phạm vi tài liệu phải căn cứ vào nội dung cần giải trình, không mặc định mọi trường hợp đều phải nộp toàn bộ sổ sách kế toán của doanh nghiệp.

10.1. Bản giải trình nên tập trung vào nội dung gì?

Doanh nghiệp cần trình bày diễn biến giao dịch bằng thông tin có thể kiểm tra.

Những nội dung chính gồm lý do mua hàng, chủ thể giao dịch, hàng hóa hoặc dịch vụ thực tế, thời điểm thực hiện, giá trị thanh toán và cách ghi nhận vào sổ kế toán.

Mỗi nhận định quan trọng nên được đối chiếu với tài liệu tương ứng.

Không nên sử dụng những khẳng định như “giao dịch chắc chắn hợp pháp” nếu hồ sơ chưa đủ cơ sở để xác nhận.

10.2. Chưa đủ hồ sơ thì xử lý thế nào?

Cần xác định tài liệu đang thiếu, bộ phận lưu giữ và khả năng thu thập lại những hồ sơ đã tồn tại hợp pháp.

Nếu tài liệu không thể thu thập hoặc nội dung giao dịch chưa xác minh được, doanh nghiệp phải trình bày trung thực tình trạng đó.

Không tự tạo lại tài liệu có nội dung không đúng thực tế.

10.3. Nhận yêu cầu qua email hoặc điện thoại

Doanh nghiệp cần xác thực người gửi và thẩm quyền yêu cầu trước khi cung cấp tài liệu kế toán, thông tin khách hàng hoặc dữ liệu tài chính.

Nếu là yêu cầu chính thức, thực hiện theo phạm vi, phương thức và thời hạn được quy định.

11. Những sai lầm cần tránh khi xử lý hóa đơn đầu vào rủi ro

11.1. Tự loại toàn bộ hóa đơn của một nhà cung cấp

Phải xác định tình trạng pháp lý theo từng thời điểm và căn cứ đối với từng hóa đơn hoặc nhóm hóa đơn.

Không nên loại toàn bộ chỉ vì nhà cung cấp xuất hiện trên một danh sách cảnh báo chưa được xác minh.

11.2. Cho rằng có mã cơ quan thuế là đủ

Mã cơ quan thuế không thay thế chứng cứ về nội dung nghiệp vụ kinh tế thực tế.

Doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng những điều kiện của pháp luật kế toán, hóa đơn và thuế có liên quan.

11.3. Tự yêu cầu xuất lại hóa đơn để xóa rủi ro

Việc điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn phải theo trường hợp pháp luật cho phép.

Không thể sử dụng việc xuất lại hóa đơn làm cách hợp thức hóa giao dịch không có thật.

11.4. Lập chứng từ bổ sung không đúng sự thật

Không được lập giả phiếu nhập kho, biên bản giao nhận, chứng từ thanh toán hoặc hồ sơ nghiệm thu.

Những tài liệu bổ sung phải là chứng cứ hợp pháp, phản ánh sự việc đã thực tế phát sinh.

11.5. Xóa dữ liệu kế toán trước khi xác định sai sót

Doanh nghiệp cần bảo toàn lịch sử xử lý và dữ liệu nguồn.

Nếu phải điều chỉnh kế toán, thực hiện theo quy định áp dụng và bảo đảm có căn cứ, lưu vết phù hợp.

11.6. Chỉ kiểm tra thuế GTGT, bỏ qua thuế TNDN

Một hóa đơn có thể liên quan đồng thời đến nghĩa vụ thuế GTGT, hàng tồn kho, giá vốn, tài sản hoặc chi phí.

Cần đánh giá toàn bộ khoản mục bị ảnh hưởng khi xác định có sai sót thực tế.

12. Checklist kiểm tra hóa đơn đầu vào có dấu hiệu rủi ro

Checklist kiểm tra hóa đơn đầu vào rủi ro

Checklist dưới đây là danh sách kiểm soát nội bộ đề xuất, không phải biểu mẫu do cơ quan nhà nước bắt buộc sử dụng.

• ☐ Xác định nguồn cảnh báo.
• ☐ Kiểm tra có thông báo chính thức từ cơ quan thuế hay không.
• ☐ Xác định hóa đơn cụ thể được cảnh báo.
• ☐ Đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử.
• ☐ Kiểm tra hóa đơn điều chỉnh, thay thế nếu có.
• ☐ Xác minh thông tin nhà cung cấp.
• ☐ Kiểm tra các mốc thời gian liên quan đến nhà cung cấp.
• ☐ Xác định hợp đồng, đơn đặt hàng hoặc căn cứ giao dịch.
• ☐ Kiểm tra chứng cứ hàng hóa, dịch vụ thực tế.
• ☐ Đối chiếu kho, vận chuyển hoặc kết quả dịch vụ nếu phù hợp.
• ☐ Kiểm tra chứng từ thanh toán.
• ☐ Đối chiếu công nợ và sổ kế toán.
• ☐ Xác định tình trạng kê khai thuế GTGT.
• ☐ Đánh giá ảnh hưởng đến khoản chi khi tính thuế TNDN.
• ☐ Kiểm tra kỳ thuế và số liệu liên quan.
• ☐ Phân loại kết quả kiểm tra.
• ☐ Lưu hồ sơ và căn cứ xử lý.
• ☐ Theo dõi vấn đề còn chưa được xác minh.

>> Xem thêm: Checklist rà soát sổ sách kế toán

13. Căn cứ pháp lý áp dụng khi kiểm tra hóa đơn đầu vào năm 2026

Các quy định dưới đây cần được áp dụng theo thời điểm có hiệu lực và trường hợp cụ thể.

13.1. Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử

Nghị định 254/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/07/2026.

Theo Điều 43, Nghị định 123/2020/NĐ-CP, Điều 1 Nghị định 41/2022/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP hết hiệu lực theo quy định khi nghị định mới có hiệu lực.

Doanh nghiệp cần kiểm tra quy định áp dụng và điều khoản chuyển tiếp đối với những hóa đơn, nghiệp vụ phát sinh trước ngày 01/07/2026.

Căn cứ: Nghị định 254/2026/NĐ-CP – Chính phủ.

13.2. Thông tư 91/2026/TT-BTC về xử lý hóa đơn

Thông tư 91/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/07/2026.

Điều 10 quy định các trường hợp xử lý hóa đơn điện tử đã lập, bao gồm sai thông tin không phải lập lại và sai thông tin cần điều chỉnh hoặc thay thế.

Việc xử lý phải dựa vào loại hóa đơn và nội dung sai sót thực tế.

Căn cứ: Thông tư 91/2026/TT-BTC – Công báo Chính phủ.

13.3. Văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC về xử phạt

Điều 4 văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC ngày 27/08/2026 quy định các hành vi sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp và sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ.

Đây là căn cứ trực tiếp để phân biệt những trường hợp pháp lý liên quan đến hóa đơn giả, hóa đơn không có giá trị sử dụng, hóa đơn của bên bán không hoạt động tại địa chỉ đăng ký và hóa đơn ghi nhận giao dịch không có thật.

Văn bản hợp nhất phản ánh nội dung các nghị định được hợp nhất; khi áp dụng vẫn cần xác định thời điểm có hiệu lực của quy định liên quan.

Căn cứ: Quy định về hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp – Cổng Thông tin Chính phủ.

13.4. Luật Quản lý thuế và Thông tư 94/2026/TT-BTC

Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/07/2026, với một số nội dung có thời điểm áp dụng riêng theo luật.

Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế.

Doanh nghiệp phải phân biệt thông tin quản lý rủi ro với căn cứ xác định hành vi vi phạm của từng hóa đơn.

Căn cứ: Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Thông tư 94/2026/TT-BTC.

13.5. Quy định về thuế GTGT và thuế TNDN

Đối với thuế GTGT, cần đối chiếu Luật Thuế GTGT và các văn bản sửa đổi, hướng dẫn đang áp dụng, bao gồm Nghị định 181/2025/NĐ-CP cùng các văn bản sửa đổi, bổ sung.

Đối với thuế TNDN, cần xem xét Nghị định 320/2025/NĐ-CP, Nghị định 141/2026/NĐ-CP và Thông tư 20/2026/TT-BTC theo phạm vi áp dụng.

Các điều kiện khấu trừ GTGT và tính chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN phải được đánh giá riêng.

14. Câu hỏi thường gặp về hóa đơn đầu vào có dấu hiệu rủi ro

14.1. Hóa đơn đầu vào có dấu hiệu rủi ro có được khấu trừ thuế GTGT không?

Không thể kết luận chỉ từ cảnh báo. Cần kiểm tra tính hợp pháp của hóa đơn, bản chất giao dịch và những điều kiện khấu trừ theo quy định.

14.2. Nhà cung cấp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký thì tất cả hóa đơn đều bất hợp pháp?

Không tự động đối với mọi hóa đơn trong quá khứ. Phải phân biệt các trường hợp tại điểm e và điểm g khoản 1 Điều 4 văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC.

14.3. Hóa đơn có mã cơ quan thuế có thể phát sinh rủi ro không?

Có. Cần kiểm tra thêm giao dịch thực tế, tình trạng pháp lý và điều kiện sử dụng hóa đơn cho mục đích thuế.

14.4. Đã kê khai hóa đơn rồi mới có cảnh báo thì phải điều chỉnh ngay không?

Không mặc nhiên. Cần xác định có sai sót trong hồ sơ kê khai hay không và thực hiện xử lý theo trường hợp cụ thể.

14.5. Có chứng từ chuyển khoản là đủ chứng minh giao dịch hợp pháp chưa?

Chưa. Chứng từ thanh toán là một phần của hồ sơ, không thay thế toàn bộ chứng cứ về giao dịch thực tế.

14.6. Hóa đơn dưới 5 triệu đồng có cần kiểm tra không?

Có. Ngưỡng thanh toán không dùng tiền mặt không miễn trừ yêu cầu về tính hợp pháp của hóa đơn hoặc tính trung thực của nghiệp vụ.

14.7. Mua nhiều lần trong ngày từ cùng người bán có cần chuyển khoản không?

Cần kiểm tra tổng giá trị giao dịch và các điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định tương ứng của thuế GTGT và thuế TNDN.

14.8. Hóa đơn sai mã số thuế có phải lập lại không?

Cần xử lý theo trường hợp quy định tại Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC. Việc lựa chọn điều chỉnh hoặc thay thế phụ thuộc loại hóa đơn và nội dung sai sót.

14.9. Có được xuất hóa đơn mới để thay hóa đơn bị cảnh báo không?

Không mặc nhiên. Chỉ thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế theo trường hợp được pháp luật quy định.

14.10. Nhà cung cấp đã giải thể thì hóa đơn cũ có bị loại không?

Không thể kết luận chỉ từ trạng thái giải thể hiện tại. Cần kiểm tra thời điểm lập hóa đơn, giao dịch và căn cứ pháp lý liên quan.

14.11. Doanh nghiệp có phải gửi toàn bộ sổ sách khi nhận email cảnh báo không?

Không nên cung cấp dữ liệu trước khi xác thực nguồn gửi và thẩm quyền yêu cầu. Nếu là yêu cầu chính thức, thực hiện theo phạm vi và hình thức hợp pháp.

14.12. Doanh nghiệp có thể tự kiểm tra hóa đơn đầu vào không?

Có thể tự kiểm tra và đối chiếu hồ sơ. Với trường hợp có yếu tố pháp lý phức tạp hoặc ảnh hưởng nhiều kỳ thuế, cần được đánh giá theo hồ sơ cụ thể trước khi quyết định điều chỉnh.

15. Viện Kế Toán hỗ trợ doanh nghiệp rà soát hóa đơn đầu vào có dấu hiệu rủi ro

Liên hệ Viện Kế Toán cùng đồng hành với doanh nghiệp

Hóa đơn đầu vào có dấu hiệu rủi ro cần được kiểm tra dựa trên thông tin có thể xác minh, không nên xử lý bằng cách tự động loại chi phí hoặc xóa chứng từ khỏi phần mềm kế toán.

Doanh nghiệp cần xác định đúng nguồn cảnh báo, kiểm tra nhà cung cấp, đối chiếu giao dịch và đánh giá những khoản mục kế toán, thuế có thể bị ảnh hưởng.

Viện Kế Toán hỗ trợ doanh nghiệp rà soát sổ sách kế toán, hóa đơn và hồ sơ thuế theo phạm vi đã thống nhất.

Tùy tình trạng tài liệu, phạm vi hỗ trợ có thể gồm:

• Đối chiếu thông tin hóa đơn đầu vào.
• Kiểm tra dữ liệu kế toán và những khoản mục liên quan.
• Rà soát chứng từ mua hàng, giao nhận và thanh toán.
• Xác định các khoản thiếu hồ sơ hoặc có chênh lệch.
• Đánh giá ảnh hưởng của sai sót đã xác định đến số liệu kế toán, thuế.
• Đề xuất phương án hoàn thiện hồ sơ hoặc xử lý theo quy định và phạm vi thỏa thuận.

Kết quả rà soát cần phân biệt nội dung đã kiểm tra, nội dung chưa xác minh được và trường hợp có căn cứ xác định sai sót.

>> Xem thêm: Dịch vụ rà soát sổ sách kế toán chuyên sâu

THÔNG TIN LIÊN HỆ VIỆN KẾ TOÁN

Hotline: 0916 636 419

Website: https://vienketoan.vn/

Địa chỉ: SH-03 Đường NB-D1, Khu Eco Xuân Lái Thiêu, Phường Lái Thiêu, TP. Hồ Chí Minh.

Doanh nghiệp có thể cung cấp thông tin về hóa đơn cần kiểm tra, nguồn cảnh báo, kỳ phát sinh và tình trạng hồ sơ để được tư vấn phạm vi rà soát phù hợp.