Doanh Nghiệp Nhận Yêu Cầu Giải Trình Thuế – Cần Chuẩn Bị Và Phản Hồi Như Thế Nào?

Doanh nghiệp bất ngờ nhận được thông báo yêu cầu giải trình thuế về doanh thu, hóa đơn, chi phí hoặc số thuế đã kê khai. Trong khi kế toán đang tìm chứng từ, người quản lý lại lo ngại liệu thông báo này có đồng nghĩa doanh nghiệp đã vi phạm hoặc sắp bị kiểm tra thuế hay không.

Khi nhận yêu cầu giải trình thuế, doanh nghiệp cần xác minh thông báo, xác định thời hạn phản hồi, đối chiếu nội dung được yêu cầu và chuẩn bị chứng từ trước khi gửi văn bản giải trình. Việc phản hồi đúng trọng tâm giúp làm rõ các khoản chênh lệch có căn cứ, phát hiện sai sót nếu có và hạn chế việc phải bổ sung hồ sơ nhiều lần.

Nhận yêu cầu giải trình thuế có nghĩa doanh nghiệp đã kê khai sai?

Không. Yêu cầu giải trình thuế chưa phải là kết luận doanh nghiệp vi phạm pháp luật thuế.

Trong quá trình quản lý và kiểm tra hồ sơ thuế, cơ quan thuế có thể đối chiếu dữ liệu khai thuế với hóa đơn điện tử, thông tin quản lý thuế và những nguồn dữ liệu hợp pháp khác. Khi phát hiện chỉ tiêu chưa thống nhất hoặc dấu hiệu rủi ro cần làm rõ, cơ quan thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp cung cấp tài liệu, giải thích số liệu theo quy định.

Ví dụ, doanh thu trên báo cáo tài chính khác với doanh thu thể hiện trên hồ sơ khai thuế GTGT. Chênh lệch này có thể xuất phát từ thời điểm ghi nhận, bản chất giao dịch hoặc cách xác định từng chỉ tiêu.

Nếu chưa đối chiếu chứng từ và quy định áp dụng, không thể kết luận ngay doanh nghiệp đã khai thiếu thuế.

Tương tự, doanh nghiệp có lượng hóa đơn đầu vào lớn trong khi doanh thu giảm chưa mặc nhiên là doanh nghiệp sử dụng hóa đơn không hợp pháp. Cơ quan thuế có thể cần thêm thông tin để đánh giá, còn doanh nghiệp phải giải thích trên cơ sở giao dịch thực tế.

Điều quan trọng là không vội thừa nhận sai sót khi chưa có căn cứ, nhưng cũng không bỏ qua yêu cầu giải trình hợp pháp.

Phân biệt yêu cầu giải trình, yêu cầu bổ sung hồ sơ và quyết định kiểm tra thuế

Doanh nghiệp có thể nhận nhiều loại văn bản liên quan đến nghĩa vụ thuế. Mỗi loại cần được xác định theo tên văn bản, căn cứ pháp lý và thủ tục cụ thể.

Các văn bản này không áp dụng chung một thời hạn hay trình tự phản hồi.

Đặc biệt, thông báo yêu cầu giải trình trong quy trình kiểm tra hồ sơ tại trụ sở cơ quan thuế không đồng nghĩa đã có quyết định kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.

Doanh nghiệp cần đọc đúng nội dung văn bản đã nhận trước khi lựa chọn phương án xử lý.

Bước đầu tiên khi nhận thông báo: Xác minh nguồn gốc và thời hạn phản hồi

Khi nhận được thông báo thuế, người phụ trách không nên lập tức gửi toàn bộ dữ liệu kế toán qua email, đường dẫn hoặc số điện thoại chưa được xác minh.

Trước tiên, doanh nghiệp cần kiểm tra thông báo có xuất phát từ cơ quan có thẩm quyền và thuộc thủ tục nào.

Xác minh thông báo, kiểm tra thời hạn và phân loại yêu cầu giải trình

Kiểm tra thông báo bằng kênh chính thức

Những thông tin cần xác minh gồm:

• Tên cơ quan thuế ban hành thông báo.
• Số, ngày ban hành và hình thức văn bản.
• Tên doanh nghiệp, mã số thuế được yêu cầu giải trình.
• Kỳ thuế, chỉ tiêu hoặc giao dịch cần làm rõ.
• Căn cứ pháp lý được viện dẫn.
• Thời hạn thực hiện và phương thức tiếp nhận hồ sơ.
• Bộ phận hoặc đầu mối liên hệ có thể xác minh.

Doanh nghiệp nên kiểm tra thông báo trên hệ thống thuế điện tử hoặc liên hệ cơ quan thuế qua thông tin chính thức đã được xác minh độc lập.

Theo khuyến cáo của cơ quan chức năng, người nộp thuế cần cảnh giác với website, email, tin nhắn và giấy mời giả mạo. Không cung cấp mật khẩu, mã OTP hoặc chuyển tiền vào tài khoản cá nhân theo yêu cầu của người tự xưng là cán bộ thuế.

Nguồn: Cổng thông tin Chính phủ – Khuyến cáo nhận diện thông tin giả mạo cơ quan thuế.

Lưu ý: Việc xác minh tính xác thực của thông báo phải được thực hiện kịp thời, không phải lý do để tự ý kéo dài thời hạn phản hồi một văn bản hợp pháp.

Yêu cầu giải trình thuế năm 2026 có thời hạn bao nhiêu ngày?

Không có một thời hạn chung áp dụng cho mọi loại yêu cầu giải trình thuế.

Theo khoản 2 và điểm a khoản 3 Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế đối với hồ sơ thuộc trường hợp được phân loại rủi ro cao theo quy định.

Khi qua rà soát, đối chiếu, phân tích hồ sơ thuế rủi ro cao có dấu hiệu khai sai hoặc chưa chính xác cần làm rõ đối với nghĩa vụ thuế, cơ quan thuế ban hành thông báo lần thứ nhất theo mẫu 01/KTT.

Trong trường hợp này, doanh nghiệp có 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo để giải trình, bổ sung thông tin và tài liệu.

Nếu nội dung giải trình lần đầu chưa đủ căn cứ chứng minh hoặc còn vấn đề cần làm rõ, cơ quan thuế có thể ban hành thông báo lần thứ hai theo mẫu 02/KTT.

Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với thông báo lần hai cũng là 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành thông báo.

Theo điểm b khoản 3 Điều 87, cơ quan thuế thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin và tài liệu không quá hai lần đối với mỗi hồ sơ khai thuế được kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.

Nguồn: Thông tư 89/2026/TT-BTC – Cổng thông tin văn bản Chính phủ.

Những trường hợp không được áp dụng máy móc mốc 10 ngày

Quy định nêu trên áp dụng trong quy trình kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế theo Điều 87, không phải đối với mọi công văn, giấy mời hoặc yêu cầu làm việc của cơ quan thuế.

Các thủ tục liên quan đến hóa đơn điện tử, hoàn thuế, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc một quy trình chuyên biệt có thể có thời hạn khác.

Khi nhận văn bản, doanh nghiệp cần đối chiếu:

• Loại thông báo hoặc quyết định.
• Căn cứ pháp lý được dẫn chiếu.
• Thủ tục mà doanh nghiệp đang tham gia.
• Thời hạn được quy định cho thủ tục đó.
• Những yêu cầu cụ thể trong văn bản.

Đặc biệt, mốc 10 ngày làm việc tại Điều 87 tính từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo, không mặc định từ ngày kế toán mở email hoặc người quản lý đọc được văn bản.

Việc một bộ phận nội bộ chuyển thông báo chậm không mặc nhiên làm thay đổi thời hạn phải phản hồi.

Nếu nhận thông báo sát hạn hoặc chưa chuẩn bị đủ tài liệu?

Doanh nghiệp cần ghi nhận ngày ban hành, ngày thực tế tiếp nhận và thời hạn phản hồi theo quy định áp dụng.

Nếu dữ liệu đang nằm ở nhiều bộ phận, nhà cung cấp chưa xác nhận công nợ hoặc chứng từ chưa được tìm thấy, nên chủ động liên hệ cơ quan phát hành để làm rõ nội dung và phương thức xử lý.

Trường hợp cần đề nghị thêm thời gian, doanh nghiệp có thể trình bày lý do và tình trạng hồ sơ bằng văn bản để được xem xét theo quy định.

Không nên mặc định đã gửi đề nghị là thời hạn được tự động gia hạn. Việc thay đổi thời hạn cần có căn cứ và thông tin xác nhận phù hợp.

Đọc thông báo đúng cách: Cơ quan thuế thực sự yêu cầu giải trình điều gì?

Một thông báo có thể đề cập nhiều chỉ tiêu, nhưng không phải nội dung nào cũng yêu cầu doanh nghiệp giải thích toàn bộ quá trình phát sinh của nhiều năm.

Bộ phận kế toán cần chuyển từng nội dung trong thông báo thành một đầu việc có số liệu, tài liệu và người phụ trách rõ ràng.

Lập bảng tiếp nhận nội dung yêu cầu

Giả sử thông báo đề cập doanh thu, hóa đơn đầu vào và số thuế GTGT được khấu trừ.

Doanh nghiệp có thể tổ chức việc chuẩn bị hồ sơ như sau:

Bảng minh họa cách phân công nội bộ, không phải biểu mẫu bắt buộc của cơ quan thuế.

Với từng yêu cầu, nên ghi thêm kỳ thuế, số tiền chênh lệch, tình trạng chứng từ, thời hạn và người chịu trách nhiệm tổng hợp.

Cách làm này giúp doanh nghiệp phản hồi đúng phạm vi, hạn chế việc các bộ phận sử dụng những bộ dữ liệu không thống nhất.

Có phải gửi toàn bộ sổ sách kế toán không?

Không phải yêu cầu giải trình một chỉ tiêu nào cũng đồng nghĩa doanh nghiệp cần gửi toàn bộ dữ liệu kế toán không liên quan.

Doanh nghiệp có trách nhiệm cung cấp thông tin, tài liệu theo yêu cầu hợp pháp của cơ quan thuế trong phạm vi quy định. Tuy nhiên, tài liệu gửi đi cần được xác định theo nội dung thực tế của văn bản và thủ tục liên quan.

Nên lập danh mục chứng từ đính kèm, đánh số tài liệu và dẫn chiếu rõ từng nội dung giải trình.

Đối với hồ sơ chứa thông tin cá nhân hoặc bí mật kinh doanh, doanh nghiệp cần thực hiện nghĩa vụ cung cấp theo pháp luật đồng thời áp dụng biện pháp bảo mật phù hợp. Không tự ý chỉnh sửa, che giấu hoặc loại bỏ thông tin cần thiết cho việc xác minh hợp pháp.

Năm nhóm hồ sơ doanh nghiệp thường cần chuẩn bị khi giải trình thuế

Không tồn tại một bộ hồ sơ giải trình giống nhau cho mọi doanh nghiệp.

Tài liệu cần chuẩn bị phụ thuộc chỉ tiêu được yêu cầu, kỳ tính thuế và bản chất nghiệp vụ. Việc chứng minh đúng nội dung thường quan trọng hơn số lượng file cung cấp.

Ba nguồn dữ liệu cần đối chiếu để giải thích chênh lệch

1. Hồ sơ giải trình chênh lệch doanh thu

Doanh nghiệp có thể được yêu cầu làm rõ doanh thu kế toán khác dữ liệu hóa đơn hoặc chỉ tiêu trên hồ sơ khai thuế GTGT.

Những tài liệu thường cần đối chiếu gồm:

• Sổ cái, sổ chi tiết doanh thu.
• Dữ liệu hóa đơn điện tử đầu ra.
• Hợp đồng, đơn hàng và phụ lục liên quan.
• Biên bản giao nhận, nghiệm thu hoặc tài liệu thể hiện việc hoàn thành dịch vụ.
• Hồ sơ khai thuế GTGT và bảng đối chiếu chỉ tiêu.
• Chứng từ thanh toán nếu liên quan đến nguyên nhân chênh lệch.

Điều cần xác định là chênh lệch phát sinh do thời điểm ghi nhận, bản chất giao dịch hay việc bỏ sót nghiệp vụ.

Ví dụ, doanh nghiệp nhận tiền trước cho hợp đồng dịch vụ chưa hoàn thành. Việc nhận tiền, lập hóa đơn và ghi nhận doanh thu kế toán cần được đánh giá theo điều kiện và quy định tương ứng, không mặc nhiên có cùng thời điểm.

Kết quả cần chuẩn bị: Bảng đối chiếu từng khoản chênh lệch, nguyên nhân cụ thể và chứng từ chứng minh.

2. Hồ sơ giải trình hóa đơn đầu vào

Khi cơ quan thuế yêu cầu làm rõ một hóa đơn hoặc nhóm hóa đơn, doanh nghiệp cần xác định giao dịch thực tế đã diễn ra như thế nào.

Tài liệu có thể bao gồm hợp đồng, đơn đặt hàng, chứng từ giao nhận, hồ sơ nghiệm thu, chứng từ thanh toán và tài liệu thể hiện việc sử dụng hàng hóa, dịch vụ.

Đối với hàng hóa, có thể cần thêm phiếu nhập kho, xuất kho hoặc tài liệu vận chuyển. Đối với dịch vụ, hồ sơ chứng minh phụ thuộc vào nội dung và điều kiện thực hiện hợp đồng.

Có hóa đơn không tự động chứng minh giao dịch đáp ứng tất cả điều kiện thuế. Ngược lại, không phải mọi giao dịch đều bắt buộc có cùng một loại biên bản nghiệm thu.

Đối với hóa đơn điện tử phát sinh từ ngày 01/07/2026, cần xem xét quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC cùng những văn bản liên quan.

Nguồn:

• Nghị định 254/2026/NĐ-CP – Cổng thông tin Chính phủ.
• Thông tư 91/2026/TT-BTC – Cổng thông tin Chính phủ.

Kết quả cần chuẩn bị: Danh sách hóa đơn liên quan, hồ sơ chứng minh giao dịch và bản giải thích từng vấn đề được yêu cầu.

3. Hồ sơ giải trình chi phí được trừ khi tính thuế TNDN

Doanh nghiệp có thể được yêu cầu giải thích khoản chi thuê dịch vụ, vận chuyển, gia công, quảng cáo, tiền lương hoặc một khoản chi có biến động lớn.

Cần phân biệt hai nội dung: khoản chi đã được ghi nhận kế toán đúng hay chưa, và khoản chi đó có đáp ứng điều kiện được trừ khi tính thuế TNDN hay không.

Ví dụ, một khoản dịch vụ đã được hạch toán nhưng bộ hồ sơ hiện chỉ có hóa đơn, chưa có đủ dữ liệu để đối chiếu công việc thực tế.

Doanh nghiệp cần kiểm tra hợp đồng, tài liệu thực hiện dịch vụ, chứng từ thanh toán và các điều kiện thuế áp dụng cho kỳ liên quan.

Nếu hồ sơ còn thiếu, phải ghi nhận đúng tình trạng và tiếp tục tìm căn cứ. Không tạo biên bản nghiệm thu, hợp đồng hoặc chứng từ thanh toán không phản ánh giao dịch thực tế để hợp thức hóa khoản chi.

Kết quả cần chuẩn bị: Bảng liệt kê khoản chi, căn cứ hạch toán, tài liệu liên quan và đánh giá ảnh hưởng thuế.

4. Hồ sơ giải trình tiền lương, bảo hiểm và thuế TNCN

Chi phí lương trên sổ kế toán có thể khác tổng thu nhập chịu thuế TNCN đã kê khai do sự khác nhau về thời điểm ghi nhận và chi trả.

Doanh nghiệp nên tập hợp bảng lương, bảng thưởng, chứng từ thanh toán, dữ liệu khấu trừ thuế TNCN và hồ sơ nhân sự liên quan.

Không được mặc định tổng chi phí lương kế toán phải bằng tổng thu nhập chịu thuế TNCN đã kê khai.

Bảng giải trình cần thể hiện rõ khoản lương đã ghi nhận nhưng chưa thanh toán, khoản thưởng trả ở kỳ khác và các khoản thu nhập có cách xác định nghĩa vụ thuế riêng.

Nếu cơ quan thuế yêu cầu kiểm tra một khoản tiền lương cụ thể, cần đối chiếu thêm điều kiện chứng từ, thời điểm chi trả và quy định thuế của kỳ phát sinh.

Kết quả cần chuẩn bị: Bảng đối chiếu lương – thanh toán – hồ sơ thuế TNCN đối với những khoản thuộc phạm vi yêu cầu.

5. Hồ sơ giải trình hàng tồn kho, giá vốn và kết quả kinh doanh

Doanh nghiệp thương mại, sản xuất hoặc xây dựng có thể được yêu cầu giải thích biến động giá vốn, hàng tồn kho hoặc lợi nhuận.

Ví dụ, doanh thu tăng nhưng lợi nhuận gộp giảm mạnh. Đây có thể là dấu hiệu cần phân tích, nhưng chưa đủ căn cứ để kết luận doanh nghiệp ghi nhận giá vốn sai.

Những dữ liệu cần kiểm tra có thể gồm bảng nhập – xuất – tồn, phương pháp tính giá, hồ sơ kiểm kê, chi phí sản xuất dở dang và biến động giá nguyên vật liệu.

Đối với hoạt động có tính mùa vụ hoặc thay đổi cơ cấu sản phẩm, doanh nghiệp cần chỉ ra nguyên nhân thực tế dẫn đến biến động.

Kết quả cần chuẩn bị: Bảng phân tích chỉ tiêu, số liệu đối chiếu và tài liệu chứng minh cho từng nguyên nhân.

Cách viết văn bản giải trình thuế rõ ràng, có số liệu và chứng từ

Văn bản giải trình thuế cần trả lời trực tiếp nội dung cơ quan thuế yêu cầu. Số liệu trình bày phải thống nhất với bảng đối chiếu và chứng từ đính kèm.

Không cần diễn giải quá dài nếu một bảng số liệu cùng chứng từ phù hợp đã đủ để làm rõ vấn đề.

Cấu trúc văn bản giải trình nên có

Phần mở đầu: Thông tin doanh nghiệp, mã số thuế, cơ quan tiếp nhận, số và ngày thông báo đang được phản hồi.

Phần nội dung: Từng chỉ tiêu hoặc giao dịch được yêu cầu giải trình, số liệu đối chiếu và nguyên nhân chênh lệch.

Phần tài liệu chứng minh: Danh sách hóa đơn, hợp đồng, sổ chi tiết, chứng từ và các bảng đối chiếu liên quan.

Phần kết luận: Nội dung đã xác minh, khoản cần tiếp tục làm rõ và đề nghị cơ quan thuế xem xét tài liệu.

Phần xác nhận: Người có thẩm quyền hoặc được ủy quyền hợp lệ ký, gửi theo hình thức phù hợp với thủ tục áp dụng.

Mẫu bảng đối chiếu chênh lệch doanh thu

Giả sử doanh nghiệp nhận được thông báo yêu cầu làm rõ khoản chênh lệch giữa dữ liệu do cơ quan thuế đối chiếu và số đã kê khai.

Số liệu giả định để minh họa cách lập bảng, không phải số liệu của hồ sơ thực tế.

Sau bảng, doanh nghiệp cần bổ sung:

• Kỳ phát sinh: Ghi rõ tháng, quý hoặc năm được yêu cầu.
• Nguyên nhân: Chênh lệch xuất phát từ những nghiệp vụ nào.
• Chứng từ tham chiếu: Số hợp đồng, hóa đơn, ngày nghiệm thu hoặc sổ chi tiết liên quan.
• Căn cứ kế toán và thuế: Quy định áp dụng tại kỳ phát sinh.
• Kết luận xử lý: Chênh lệch có căn cứ hợp lệ, phát hiện sai sót hay còn thiếu dữ liệu.

Bảng này chỉ giúp tổ chức thông tin. Nó không mặc nhiên chứng minh rằng 200 triệu đồng là doanh thu phải kê khai bổ sung hoặc khoản thuế phải nộp thêm.

Mẫu đoạn giải trình có thể tham khảo

Về nội dung yêu cầu làm rõ doanh thu kỳ …

“Sau khi nhận được Thông báo số … ngày … của …, doanh nghiệp đã đối chiếu số liệu trên sổ kế toán, dữ liệu hóa đơn điện tử và hồ sơ khai thuế liên quan.

Qua kiểm tra, doanh nghiệp xác định khoản chênh lệch … đồng giữa … và … phát sinh từ các nghiệp vụ tại kỳ … . Nguyên nhân chênh lệch được xác định là … theo bảng đối chiếu và tài liệu đính kèm.

Doanh nghiệp gửi kèm danh mục chứng từ, bảng đối chiếu số liệu và phần giải thích đối với từng khoản liên quan. Kính đề nghị cơ quan thuế xem xét nội dung giải trình theo quy định.”

Đây là mẫu diễn đạt tham khảo, không phải biểu mẫu bắt buộc. Những thông tin còn trống chỉ được hoàn thiện sau khi doanh nghiệp đã xác minh thực tế.

Ba lỗi khiến văn bản giải trình dễ phải làm lại

Giải thích không có số liệu: Chỉ ghi “do phần mềm”, “do kế toán cũ” hoặc “do đặc thù ngành nghề” mà không xác định giao dịch, kỳ thuế và số tiền chênh lệch.

Gửi chứng từ không có danh mục: Hồ sơ chứa nhiều hóa đơn, hợp đồng và bảng tính nhưng không thể hiện tài liệu nào chứng minh cho nội dung nào.

Kết luận vượt quá căn cứ: Doanh nghiệp khẳng định toàn bộ số liệu đã đúng trong khi vẫn còn khoản chưa được đối chiếu hoặc chứng từ chưa tìm thấy.

Một văn bản có hiệu quả cần thống nhất giữa số liệu, lời giải thích và chứng từ. Nếu nội dung chưa đủ căn cứ, doanh nghiệp nên ghi nhận trung thực tình trạng hồ sơ.

Tình huống minh họa: Doanh thu chênh lệch 200 triệu đồng có cần khai bổ sung ngay?

Giả sử một doanh nghiệp dịch vụ nhận được yêu cầu giải trình về khoản chênh lệch 200 triệu đồng giữa dữ liệu đối chiếu và hồ sơ khai thuế.

Kế toán kiểm tra sơ bộ và phát hiện khoản chênh lệch liên quan đến một hợp đồng có nhiều mốc thanh toán và thời điểm hoàn thành dịch vụ khác nhau.

Tình huống và số liệu chỉ mang tính giả định.

Ở giai đoạn này, doanh nghiệp không nên lập tức khai bổ sung tăng doanh thu 200 triệu đồng chỉ để phản hồi nhanh.

Trước tiên, cần kiểm tra hợp đồng, chứng từ nghiệm thu, hóa đơn, thời điểm ghi nhận doanh thu kế toán và quy định áp dụng đối với nghĩa vụ thuế.

Trường hợp 1 – Chênh lệch có căn cứ hợp lệ

Nếu doanh nghiệp chứng minh được sự khác biệt xuất phát từ thời điểm ghi nhận hoặc đặc điểm giao dịch phù hợp với quy định, cần lập bảng đối chiếu và giải trình.

Các tài liệu phải thể hiện rõ nguyên nhân, không chỉ nêu chung rằng số liệu giữa kế toán và thuế khác nhau.

Trường hợp 2 – Có sai sót trong hồ sơ khai thuế

Nếu xác định doanh nghiệp đã bỏ sót doanh thu tính thuế hoặc kê khai sai, cần xác định kỳ thuế, số tiền ảnh hưởng và điều kiện thực hiện khai bổ sung.

Cách xử lý phải căn cứ vào tình trạng hồ sơ, đặc biệt khi đã có quyết định kiểm tra hoặc kết quả xử lý liên quan.

Cùng một khoản chênh lệch 200 triệu đồng nhưng có thể dẫn đến hai phương án khác nhau: giải trình bằng chứng từ hoặc thực hiện thủ tục khai bổ sung theo quy định.

Khi nào chỉ cần giải trình, khi nào phải khai bổ sung hồ sơ thuế?

Đây là một trong những vấn đề quan trọng nhất khi doanh nghiệp nhận yêu cầu giải trình thuế.

Không phải mọi khoản chênh lệch đều cần khai bổ sung. Tuy nhiên, khi đã xác định hồ sơ khai thuế có sai sót, doanh nghiệp cũng không nên chỉ gửi công văn giải thích rồi mặc định nghĩa vụ đã hoàn thành.

Trường hợp số liệu đã kê khai đúng

Doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ chứng minh, lập bảng đối chiếu và phản hồi theo thời hạn, phương thức được yêu cầu.

Trong quy trình Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC, nếu nội dung giải trình lần một hoặc lần hai chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận theo quy định; hồ sơ giải trình được lưu cùng hồ sơ thuế.

Người phụ trách cần lưu lại tài liệu đã gửi và kết quả xử lý tương ứng.

Trường hợp phát hiện sai sót nhưng hồ sơ chưa thuộc phạm vi kiểm tra

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, người nộp thuế phát hiện hồ sơ đã nộp có sai sót được khai bổ sung trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ của kỳ có sai sót, đối với các trường hợp và điều kiện được quy định.

Các trường hợp cần xem xét bao gồm việc khai bổ sung trước khi cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra; hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ kiểm tra; và những điều kiện khác tại khoản 5 Điều 12.

Nguồn: Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 – Công báo Chính phủ.

Doanh nghiệp cần xác định chính xác kỳ sai sót, loại thuế, ảnh hưởng đến số phải nộp hoặc được khấu trừ, đồng thời kiểm tra tình trạng pháp lý của hồ sơ trước khi thực hiện.

Trường hợp sai sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã kiểm tra

Đây là trường hợp không được áp dụng máy móc cách khai bổ sung thông thường.

Theo điểm d khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, nếu người nộp thuế phát hiện sai sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra, dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được miễn, giảm, hoàn, khấu trừ hay đã nộp thừa theo quy định, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế.

Cơ quan thuế có trách nhiệm rà soát hồ sơ giải trình. Trường hợp chấp thuận, cơ quan thuế ban hành thông báo chấp thuận để người nộp thuế điều chỉnh hồ sơ khai thuế.

Việc xử lý trách nhiệm và nghĩa vụ phát sinh được thực hiện theo quy định tương ứng.

Không nên tự điều chỉnh hồ sơ thuộc tình huống này như một tờ khai bổ sung thông thường khi chưa thực hiện đúng thủ tục.

Lưu ý về các quyết định kiểm tra ban hành trước ngày 01/07/2026

Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 có hiệu lực chung từ ngày 01/07/2026, nhưng có quy định chuyển tiếp.

Theo khoản 3 Điều 53, những cuộc kiểm tra có quyết định kiểm tra ban hành trước ngày luật có hiệu lực mà chưa ban hành kết luận hoặc quyết định xử lý tiếp tục được thực hiện theo Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.

Vì vậy, với doanh nghiệp đang có cuộc kiểm tra kéo dài qua mốc ngày 01/07/2026, cần xem xét ngày ban hành quyết định, phạm vi kiểm tra và quy định chuyển tiếp trước khi xác định thủ tục khai bổ sung.

Nguồn: Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 – Nội dung và quy định chuyển tiếp.

Bảng xác định hướng xử lý

Việc khai bổ sung có thể làm phát sinh nghĩa vụ thuế, tiền chậm nộp và các khoản xử lý liên quan tùy trường hợp.

Không nên mặc định khai bổ sung sẽ tự động loại trừ mọi trách nhiệm xử lý vi phạm.

Nếu giải trình lần đầu chưa được chấp nhận, quy trình tiếp theo thế nào?

Doanh nghiệp có thể đã gửi tài liệu nhưng cơ quan thuế vẫn nhận thấy nội dung chưa đủ căn cứ hoặc còn vấn đề cần giải thích.

Điều này chưa tự động chứng minh doanh nghiệp có vi phạm. Tuy nhiên, người phụ trách cần xác định rõ yêu cầu tiếp theo và thực hiện đúng thủ tục.

Thông báo giải trình lần hai theo mẫu 02/KTT

Theo điểm b khoản 3 Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC, nếu giải trình lần đầu chưa đủ căn cứ chứng minh hoặc còn nội dung cần làm rõ, cơ quan thuế ban hành thông báo lần hai theo mẫu 02/KTT.

Doanh nghiệp có thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành thông báo lần hai để thực hiện giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung theo trường hợp áp dụng.

Ở giai đoạn này, cần tập trung vào những nội dung còn thiếu thay vì chỉ gửi lại nguyên bộ hồ sơ đã cung cấp.

Biên bản làm việc theo mẫu 03/KTT

Theo điểm e khoản 3 Điều 87, kết thúc việc rà soát nội dung giải trình, cơ quan thuế lập Biên bản làm việc theo mẫu 03/KTT, Phụ lục IV của Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Doanh nghiệp cần chú ý nội dung ghi nhận trong biên bản, tài liệu đã cung cấp và những vấn đề vẫn chưa được xác minh.

Biên bản làm việc 03/KTT không phải là quyết định kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.

Quyết định kiểm tra theo mẫu 04/KTT

Theo điểm g khoản 3 Điều 87, nếu qua phân tích hồ sơ rủi ro cao và thông tin giải trình có đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm, nội dung vi phạm, số tiền dự kiến truy thu và xử lý vi phạm, cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo mẫu 04/KTT.

Trình tự, thủ tục kiểm tra trong trường hợp này thực hiện theo khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Cần phân biệt rõ:

• 03/KTT: Biên bản làm việc về nội dung giải trình.
• 04/KTT: Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo điều kiện quy định.
• Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế: Một tình huống khác, có địa điểm và trình tự tương ứng.

Không nên hiểu rằng sau giải trình lần hai, cơ quan thuế chỉ có thể ấn định thuế hoặc đến trực tiếp doanh nghiệp kiểm tra.

Trường hợp không giải trình hoặc không chứng minh được số thuế đã khai

Theo điểm đ khoản 3 Điều 87, khi hết thời hạn thông báo lần hai mà người nộp thuế không thực hiện hoặc không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, cơ quan thuế có thể tiến hành bước xử lý tương ứng theo quy định.

Nếu có đủ căn cứ, cơ quan thuế thực hiện ấn định số thuế phải nộp.

Nếu chưa đủ căn cứ ấn định, cơ quan thuế có thể ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc sử dụng thông tin để xây dựng kế hoạch kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

Bên cạnh đó, trường hợp đã đủ căn cứ xác định hành vi và nội dung vi phạm được xử lý theo nhánh quy định tại điểm g khoản 3 Điều 87.

Nguồn: Thông tư 89/2026/TT-BTC – Điều 87 và Điều 88.

Việc không phản hồi không phải lựa chọn an toàn, nhưng cũng không đồng nghĩa mọi trường hợp chậm giải trình sẽ tự động bị ấn định thuế. Biện pháp xử lý phải căn cứ điều kiện, hồ sơ và thủ tục pháp luật tương ứng.

Sáu bước tổ chức phản hồi yêu cầu giải trình thuế trong doanh nghiệp

Thay vì để một nhân viên kế toán tự xử lý toàn bộ, doanh nghiệp nên tổ chức công việc theo trình tự có phân công rõ ràng.

Bước 1 – Tiếp nhận và xác minh thông báo

Lưu bản thông báo, xác minh cơ quan ban hành và kiểm tra thông tin trên kênh chính thức.

Xác định ngay thời hạn, loại thủ tục và người chịu trách nhiệm theo dõi.

Bước 2 – Phân loại nội dung yêu cầu

Tách từng chỉ tiêu, kỳ thuế và giao dịch thành đầu việc cụ thể.

Phân công bộ phận cung cấp tài liệu, người đối chiếu và người tổng hợp hồ sơ.

Bước 3 – Kiểm tra số liệu và chứng từ gốc

Đối chiếu hồ sơ khai thuế, sổ kế toán, hóa đơn và chứng từ có liên quan.

Phân loại kết quả thành ba nhóm: đã giải thích được, có dấu hiệu sai sót và còn thiếu dữ liệu.

Bước 4 – Xác định hướng xử lý

Đánh giá nội dung nào chỉ cần giải trình bằng tài liệu và nội dung nào có thể phải khai bổ sung.

Với hồ sơ đã thuộc phạm vi kiểm tra, cần xác định điều kiện pháp lý trước khi điều chỉnh.

Bước 5 – Phê duyệt và gửi hồ sơ

Kiểm tra sự thống nhất giữa văn bản giải trình, bảng đối chiếu và tài liệu đính kèm.

Gửi hồ sơ bằng phương thức hợp lệ theo thủ tục áp dụng, lưu lại chứng cứ gửi và tiếp nhận.

Bước 6 – Theo dõi kết quả

Kiểm tra cơ quan thuế đã tiếp nhận, có thông báo lần hai, biên bản làm việc hoặc quyết định xử lý nào tiếp theo hay không.

Bố trí người chịu trách nhiệm đến khi xác định được tình trạng xử lý của hồ sơ.

Checklist trước khi gửi văn bản giải trình thuế

Doanh nghiệp có thể sử dụng bảng sau để tự kiểm tra nội bộ:

Đây là checklist quản trị nội bộ, không phải biểu mẫu bắt buộc của cơ quan thuế.

Nếu có nhiều khoản chưa giải thích được, doanh nghiệp nên ưu tiên kiểm tra các nghiệp vụ liên quan trực tiếp đến thông báo. Không cần tự làm lại toàn bộ sổ sách khi chưa xác định được phạm vi cần xử lý.

>> Xem thêm: Dịch vụ rà soát sổ sách kế toán

Những việc doanh nghiệp không nên làm khi nhận yêu cầu giải trình thuế

Một số cách xử lý tưởng như tiết kiệm thời gian có thể khiến doanh nghiệp phát sinh thêm rủi ro.

Không bỏ qua thông báo hợp pháp. Doanh nghiệp cần xác định thời hạn và thực hiện nghĩa vụ phản hồi tương ứng.

Không gửi dữ liệu cho người chưa xác minh danh tính. Tránh đường dẫn lạ, yêu cầu cung cấp OTP hoặc chuyển tiền vào tài khoản cá nhân.

Không tự sửa sổ sách chỉ để số liệu khớp thông báo. Mọi bút toán điều chỉnh phải có căn cứ nghiệp vụ và tuân thủ quy định kế toán.

Không tạo chứng từ không có thật. Hợp đồng, biên bản nghiệm thu hoặc tài liệu thanh toán phải phản ánh giao dịch thực tế.

Không đồng nhất giải trình với thừa nhận vi phạm. Doanh nghiệp cần xác minh và giải thích số liệu dựa trên tài liệu hợp pháp.

Không để các bộ phận gửi nhiều bộ số liệu mâu thuẫn. Văn bản phản hồi cần được tổng hợp, kiểm tra và phê duyệt bởi người có thẩm quyền.

Khi nào doanh nghiệp nên nhờ đơn vị chuyên môn hỗ trợ giải trình thuế?

Không phải yêu cầu giải trình nào cũng cần thuê dịch vụ bên ngoài.

Nếu nội dung đơn giản, chứng từ đầy đủ và bộ phận kế toán có thể xác định rõ căn cứ, doanh nghiệp có thể tự chuẩn bị hồ sơ.

Tuy nhiên, nên cân nhắc hỗ trợ chuyên môn khi:

• Yêu cầu liên quan đến nhiều kỳ thuế hoặc nhiều sắc thuế.
• Chênh lệch lớn nhưng chưa xác định được nguyên nhân.
• Dữ liệu hóa đơn, sổ kế toán và tờ khai thuế không thống nhất.
• Kế toán cũ nghỉ việc, thiếu dữ liệu gốc hoặc chứng từ.
• Có giao dịch phức tạp cần đánh giá riêng về thuế.
• Đã giải trình lần đầu nhưng vẫn chưa đủ căn cứ chứng minh.
• Hồ sơ đã thuộc phạm vi kiểm tra hoặc cần xác định thủ tục khai bổ sung phù hợp.

Việc hỗ trợ nên bắt đầu bằng việc đọc đúng thông báo và xác định phạm vi yêu cầu.

Tùy tình trạng hồ sơ, công việc có thể bao gồm đối chiếu chứng từ, phân tích chênh lệch, đánh giá căn cứ pháp lý, lập bảng giải trình và hỗ trợ chuẩn bị văn bản phản hồi.

Nếu cần đại diện thực hiện thủ tục, phạm vi ủy quyền và điều kiện pháp lý liên quan phải được xác định rõ.

>> Xem thêm: Dịch vụ quyết toán thuế doanh nghiệp

Câu hỏi thường gặp khi doanh nghiệp nhận yêu cầu giải trình thuế

1. Nhận yêu cầu giải trình thuế có phải doanh nghiệp sắp bị kiểm tra không?

Không nhất thiết.

Yêu cầu giải trình có thể xuất phát từ quy trình kiểm tra hồ sơ tại trụ sở cơ quan thuế hoặc một thủ tục quản lý thuế khác. Cần căn cứ văn bản cụ thể để xác định bước xử lý đang diễn ra.

2. Doanh nghiệp có bao nhiêu ngày để giải trình thuế trong năm 2026?

Đối với thông báo theo khoản 3 Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC, thời hạn giải trình lần một và lần hai tương ứng là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo.

Quy định này không áp dụng mặc định cho mọi loại yêu cầu giải trình. Doanh nghiệp phải xác định thủ tục và thời hạn riêng của văn bản đã nhận.

3. Có thể gửi văn bản giải trình thuế trực tuyến không?

Có thể nếu thuộc hình thức được quy định và hệ thống tiếp nhận cho phép.

Trong quy trình Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC, việc giải trình có thể thực hiện trực tiếp, theo phương thức làm việc trực tuyến, giao dịch điện tử hoặc gửi văn bản qua dịch vụ bưu chính.

4. Cơ quan thuế yêu cầu giải trình hóa đơn thì có phải khai bổ sung ngay không?

Không tự động phải khai bổ sung.

Doanh nghiệp cần xác minh giao dịch và số liệu đã kê khai. Nếu hồ sơ đúng, cần giải trình bằng chứng từ; nếu có sai sót, phải kiểm tra điều kiện và thủ tục khai bổ sung.

5. Giải trình thuế có bắt buộc phải cung cấp hợp đồng và biên bản nghiệm thu không?

Tùy nội dung yêu cầu và bản chất giao dịch.

Hợp đồng, nghiệm thu, giao nhận hoặc chứng từ thanh toán có thể là những căn cứ quan trọng, nhưng không có một danh mục chứng từ giống nhau cho mọi trường hợp giải trình.

6. Doanh nghiệp không phản hồi thông báo giải trình thuế thì sao?

Có thể phát sinh các bước xử lý tiếp theo theo quy định.

Trong quy trình Điều 87, sau khi hết thời hạn thông báo lần hai, nếu doanh nghiệp không giải trình hoặc không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, cơ quan thuế thực hiện biện pháp tương ứng khi đáp ứng điều kiện pháp lý.

Không phải mọi trường hợp đều tự động bị ấn định thuế.

7. Sau giải trình lần hai, cơ quan thuế có thể lập những văn bản nào?

Trong quy trình Điều 87, cơ quan thuế lập biên bản làm việc 03/KTT sau khi rà soát nội dung giải trình.

Khi đáp ứng điều kiện tại điểm g khoản 3 Điều 87, cơ quan thuế có thể ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo mẫu 04/KTT. Những trường hợp không đủ căn cứ ấn định thuế hoặc cần kiểm tra tại doanh nghiệp được xử lý theo quy định tương ứng.

8. Kế toán cũ nghỉ việc, thiếu chứng từ thì doanh nghiệp có được giải trình không?

Doanh nghiệp vẫn cần thực hiện nghĩa vụ phản hồi theo yêu cầu hợp pháp.

Khi thiếu chứng từ, phải xác định dữ liệu còn có thể kiểm chứng, nguồn cần khôi phục và những nội dung chưa đủ căn cứ. Việc kế toán cũ nghỉ việc không tự động làm mất nghĩa vụ giải trình của doanh nghiệp.

9. Có thể thuê Viện Kế Toán hỗ trợ chuẩn bị hồ sơ giải trình thuế không?

Doanh nghiệp có thể trao đổi với Viện Kế Toán để đánh giá tình trạng hồ sơ và xác định phạm vi hỗ trợ phù hợp.

Tùy dữ liệu và thỏa thuận, công việc có thể bao gồm rà soát chứng từ, đối chiếu số liệu, xác định nguyên nhân chênh lệch và hỗ trợ chuẩn bị văn bản giải trình.

Những công việc đại diện thực hiện thủ tục cần đáp ứng điều kiện pháp luật và ủy quyền phù hợp.

Phản hồi đúng nội dung, đúng thời hạn và có chứng từ là điều quan trọng nhất

Khi doanh nghiệp nhận yêu cầu giải trình thuế, việc cần làm không phải tìm cách giải thích thật nhanh, mà là xác định thông báo yêu cầu gì, thời hạn nào đang áp dụng và dữ liệu nào chứng minh nội dung đã kê khai.

Một khoản chênh lệch chưa chắc là sai phạm, nhưng cũng không nên bỏ qua nếu chưa có căn cứ giải thích.

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ giải trình bằng tài liệu với khai bổ sung hồ sơ thuế, đồng thời nhận diện đúng những bước xử lý có thể phát sinh trong quy trình kiểm tra.

Nếu doanh nghiệp thiếu chứng từ, số liệu chưa thống nhất hoặc yêu cầu giải trình liên quan đến nhiều kỳ thuế, Viện Kế Toán có thể hỗ trợ đánh giá hồ sơ, xác định những khoản mục cần rà soát và tư vấn phương án chuẩn bị tài liệu phù hợp.

Liên hệ Viện Kế Toán cùng đồng hành với doanh nghiệp

VIỆN KẾ TOÁN

Hotline: 0916 636 419

Địa chỉ: SH-03 Đường NB-D1, Khu Eco Xuân Lái Thiêu, Phường Lái Thiêu, TP. Hồ Chí Minh.

Website: https://vienketoan.vn/

Fanpage: Viện Kế Toán Việt Nam