Những Sai Sót Thường Gặp Khi Quyết Toán Thuế – Dấu Hiệu Và Cách Khắc Phục

Doanh nghiệp có thể đã nộp đầy đủ tờ khai thuế trong năm nhưng đến kỳ quyết toán vẫn phát hiện doanh thu chưa khớp hóa đơn, chi phí thiếu chứng từ hoặc số thuế tạm nộp thấp hơn mức quy định. Những chênh lệch này không phải lúc nào cũng là vi phạm, nhưng nếu chưa được xác minh và xử lý phù hợp, hồ sơ quyết toán có thể phát sinh nghĩa vụ điều chỉnh, tiền chậm nộp hoặc yêu cầu giải trình.

Những sai sót thường gặp khi quyết toán thuế thường xuất phát từ việc ghi nhận nghiệp vụ không đúng kỳ, thiếu đối chiếu giữa kế toán và thuế, hoặc sử dụng quy định không còn phù hợp với năm quyết toán. Nhận diện sớm từng nhóm sai sót giúp doanh nghiệp xác định khoản nào phải điều chỉnh, khoản nào cần bổ sung chứng từ và khoản nào thực tế không có vấn đề.

Vì sao doanh nghiệp đã kê khai thuế đầy đủ vẫn có thể quyết toán sai?

Hoàn thành việc kê khai thuế hằng tháng hoặc hằng quý không đồng nghĩa toàn bộ số liệu kế toán đã được kiểm tra đầy đủ.

Trong quá trình kinh doanh, bộ phận bán hàng theo dõi đơn hàng, kế toán ghi nhận doanh thu, nhân sự tổng hợp tiền lương và ngân hàng lưu dữ liệu thanh toán. Nếu những nguồn này chưa được đối chiếu, sai lệch có thể tồn tại nhiều tháng trước khi được phát hiện.

Ba nhóm số liệu cần phân biệt

Số liệu kế toán: Phản ánh doanh thu, chi phí, tài sản, công nợ và kết quả kinh doanh theo chế độ kế toán doanh nghiệp đang áp dụng.

Dữ liệu hóa đơn và kê khai thuế: Phản ánh thông tin giao dịch, nghĩa vụ thuế GTGT, TNCN và các khoản thuế được kê khai theo từng kỳ.

Số liệu tính thuế TNDN: Được xác định từ kết quả kế toán cùng những khoản điều chỉnh theo quy định thuế, bao gồm chi phí không được trừ, thu nhập miễn thuế, lỗ được chuyển và ưu đãi nếu đủ điều kiện.

Ba nhóm dữ liệu này có liên hệ nhưng không bắt buộc mọi chỉ tiêu đều giống nhau. Một khoản chênh lệch chỉ được kết luận là sai khi đã xác định được bản chất giao dịch và căn cứ áp dụng.

Điều quan trọng là không tự điều chỉnh số liệu chỉ để các báo cáo bằng nhau. Doanh nghiệp cần xác định nguyên nhân trước khi thực hiện bút toán hoặc khai bổ sung.

Sai sót về doanh thu và hóa đơn: Dễ phát hiện nhưng không phải lúc nào cũng dễ xử lý

Doanh thu kế toán, hóa đơn và công nợ cần được kiểm tra theo từng giao dịch và kỳ phát sinh.

Đây là nhóm sai sót có thể ảnh hưởng đồng thời đến doanh thu kế toán, thuế GTGT, thuế TNDN và công nợ khách hàng.

Sai sót 1: Ghi nhận doanh thu không đúng kỳ

Một doanh nghiệp cung cấp dịch vụ có thể nhận tiền trước khi hoàn thành công việc. Ngược lại, có trường hợp hàng hóa hoặc dịch vụ đã đủ điều kiện ghi nhận doanh thu nhưng khách hàng chưa thanh toán.

Nếu chỉ căn cứ vào tiền chuyển vào tài khoản ngân hàng, doanh nghiệp có thể ghi nhận doanh thu không đúng thời điểm.

Dấu hiệu nhận biết: Doanh thu trên sổ biến động bất thường vào cuối năm, có nhiều khoản khách trả trước hoặc hợp đồng đã hoàn thành nhưng chưa được đối chiếu với số liệu kế toán.

Cách xử lý: Kiểm tra hợp đồng, chứng từ giao hàng, nghiệm thu, điều kiện chuyển giao và các quy định tương ứng để xác định thời điểm ghi nhận doanh thu.

Riêng thời điểm lập hóa đơn và thời điểm xác định doanh thu tính thuế phải được xem xét theo từng loại giao dịch. Không nên mặc định hai thời điểm này luôn trùng nhau.

Sai sót 2: Hóa đơn điện tử đã điều chỉnh nhưng sổ kế toán chưa cập nhật

Trong năm, doanh nghiệp có thể phát sinh hóa đơn sai thông tin, điều chỉnh giá trị, trả lại hàng hoặc thay đổi phạm vi dịch vụ.

Nếu bộ phận bán hàng xử lý hóa đơn nhưng kế toán không cập nhật nghiệp vụ tương ứng, dữ liệu giữa hóa đơn, công nợ và sổ kế toán sẽ bị chênh lệch.

Dấu hiệu nhận biết: Hóa đơn có điều chỉnh hoặc thay thế nhưng giá trị doanh thu, thuế GTGT và số phải thu trên sổ vẫn theo hóa đơn ban đầu.

Cách xử lý: Lập danh sách hóa đơn có sai sót, đối chiếu chứng từ giao dịch và xác định cách xử lý theo loại hóa đơn, nội dung sai và quy định tại thời điểm phát sinh.

Từ ngày 01/07/2026, doanh nghiệp cần kiểm tra quy định về hóa đơn điện tử tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC. Không phải mọi hóa đơn sai đều được xử lý bằng cùng một hình thức điều chỉnh hoặc thay thế.

Lưu ý về kỳ kê khai: Khi xử lý hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế, doanh nghiệp phải xác định kỳ kê khai theo tính chất giao dịch và quy định áp dụng. Không nên mặc định tất cả hóa đơn điều chỉnh đều được kê khai vào cùng một kỳ.

Đối với hóa đơn điều chỉnh thuộc trường hợp quy định tại khoản 5 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, điểm d khoản 6 Điều 10 quy định người bán kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, người mua kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh.

Những trường hợp hóa đơn sai nội dung khác cần kiểm tra riêng theo quy định về hóa đơn và khai thuế GTGT. Việc xử lý sai kỳ kê khai có thể khiến doanh nghiệp phải tiếp tục đối chiếu, điều chỉnh hồ sơ thuế.

Nguồn: Thông tư 91/2026/TT-BTC – Công báo Chính phủ.

Chi phí có hóa đơn nhưng vẫn có thể bị loại khi tính thuế TNDN

Một trong những sai sót thường gặp khi quyết toán thuế là đồng nhất chi phí đã hạch toán với chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế.

Trên thực tế, chi phí kế toán và chi phí được trừ có điều kiện xác định khác nhau. Doanh nghiệp phải xem xét bản chất khoản chi, tính liên quan đến hoạt động kinh doanh, hồ sơ chứng minh và phương thức thanh toán.

Sai sót 3: Chỉ kiểm tra hóa đơn mà bỏ qua chứng từ giao dịch

Một khoản chi thuê tư vấn, sửa chữa, vận chuyển hoặc gia công có thể đã có hóa đơn hợp lệ nhưng chưa có căn cứ chứng minh dịch vụ thực tế được cung cấp.

Nếu hợp đồng quy định nghiệm thu hoặc bàn giao, kế toán cần kiểm tra các tài liệu tương ứng. Không nên mặc định chỉ có hóa đơn và chứng từ chuyển tiền là đủ trong mọi tình huống.

Dấu hiệu nhận biết: Chi phí lớn nhưng thiếu hợp đồng, báo cáo công việc, biên bản nghiệm thu, phiếu giao nhận hoặc thông tin về người sử dụng dịch vụ.

Cách xử lý: Phân loại chứng từ theo từng giao dịch, đối chiếu điều kiện hợp đồng và bổ sung tài liệu hợp lệ phản ánh công việc đã thực hiện.

Nếu không còn đủ căn cứ chứng minh, doanh nghiệp phải đánh giá ảnh hưởng đến chi phí được trừ. Không được tạo hồ sơ hoặc chứng từ giả để hợp thức hóa giao dịch.

Sai sót 4: Thanh toán bằng tiền mặt khi khoản chi phải có chứng từ không dùng tiền mặt

Theo Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, khoản chi mua hàng hóa, dịch vụ từng lần từ 05 triệu đồng trở lên thuộc phạm vi quy định phải đáp ứng điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được tính vào chi phí được trừ.

Trong thực tế, vướng mắc có thể xuất hiện khi doanh nghiệp thanh toán qua tài khoản cá nhân của nhân viên, người quản lý ứng tiền mua hàng hoặc thanh toán bằng tiền mặt rồi mới hoàn trả.

Dấu hiệu nhận biết: Hóa đơn đứng tên doanh nghiệp nhưng chứng từ thanh toán không thể hiện rõ bên thực hiện nghĩa vụ thanh toán hoặc không có hồ sơ ủy quyền, hoàn ứng phù hợp.

Cách xử lý: Kiểm tra từng giao dịch theo giá trị, thời điểm phát sinh, người thanh toán, chứng từ ngân hàng và các trường hợp được pháp luật cho phép.

Nguồn: Nghị định 320/2025/NĐ-CP – Cổng thông tin Chính phủ.

Đặc biệt, theo hướng dẫn của Bộ Tài chính tại Công văn 218/CST-TN ngày 27/01/2026, đối với khoản tiền lương, tiền công trả cho người lao động từng lần từ 05 triệu đồng trở lên, phát sinh từ ngày 15/12/2025 và thuộc phạm vi quy định, doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để đáp ứng điều kiện chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.

Cần phân biệt quy định về hình thức trả lương với điều kiện được trừ thuế TNDN.

Theo Điều 96 Bộ luật Lao động 2019, tiền lương có thể được trả bằng tiền mặt hoặc qua tài khoản cá nhân của người lao động. Tuy nhiên, việc một hình thức trả lương được pháp luật lao động cho phép không đồng nghĩa khoản chi đó đương nhiên đáp ứng điều kiện được trừ khi tính thuế TNDN.

Vì vậy, doanh nghiệp cần xem xét đồng thời quy định lao động, quy định thuế và thời điểm thực hiện thanh toán. Không nên hiểu rằng pháp luật cấm mọi khoản trả lương bằng tiền mặt, cũng không nên mặc định mọi khoản lương trả tiền mặt đều được tính vào chi phí được trừ.

Nguồn: Bộ Tài chính – Hướng dẫn về thanh toán tiền lương, tiền công.

Sai sót 5: Hạch toán chi phí vào năm không phù hợp

Doanh nghiệp có thể nhận hóa đơn sau thời điểm kết thúc năm tài chính, trong khi giao dịch thực tế đã phát sinh trước đó.

Ngược lại, một khoản trả trước trong năm không nhất thiết được ghi nhận toàn bộ vào chi phí của năm nếu bản chất khoản chi liên quan đến nhiều kỳ.

Dấu hiệu nhận biết: Chi phí tăng đột biến trong tháng cuối năm, nhiều khoản được kết chuyển một lần hoặc có hóa đơn liên quan đến dịch vụ chưa hoàn thành.

Cách xử lý: Xác định kỳ phát sinh nghiệp vụ, thời gian hưởng lợi, điều kiện ghi nhận và nguyên tắc phân bổ theo chế độ kế toán đang áp dụng.

Khi quyết toán thuế, cần đánh giá riêng điều kiện được trừ của khoản chi theo pháp luật thuế. Không nên chỉ thay đổi ngày hạch toán để làm giảm số thuế phải nộp.

Giá vốn, hàng tồn kho và tài sản: Sai một khoản có thể ảnh hưởng cả kết quả năm

Sai sót về giá vốn và tài sản không phải lúc nào cũng thể hiện trực tiếp trên tờ khai thuế.

Có doanh nghiệp tổng doanh thu và số hóa đơn đều đúng, nhưng lợi nhuận bị sai vì hàng tồn kho chưa kiểm kê, chi phí sản xuất dở dang chưa đánh giá hoặc tài sản được trích khấu hao không đúng thời điểm.

Sai sót 6: Chênh lệch hàng tồn kho nhưng không xác minh nguyên nhân

Số lượng hàng tồn kho trên phần mềm có thể khác với số kiểm kê thực tế do hàng đã xuất nhưng chưa cập nhật, nhầm mã hàng, hàng gửi gia công hoặc tổn thất chưa được xác nhận.

Nếu kế toán tự điều chỉnh tồn kho để làm khớp số lượng mà không có căn cứ, giá vốn và tài sản cuối kỳ có thể bị sai lệch.

Dấu hiệu nhận biết: Hàng tồn kho tăng mạnh nhưng doanh thu không tương ứng, xuất hiện tồn kho âm, giá vốn biến động lớn hoặc kiểm kê có chênh lệch chưa giải thích.

Cách xử lý: Đối chiếu phiếu nhập xuất, dữ liệu kho, biên bản kiểm kê, hồ sơ gia công và chứng từ liên quan. Sau đó xác định nghiệp vụ cần điều chỉnh theo bản chất thực tế.

Đối với doanh nghiệp sản xuất, cần kiểm tra thêm chi phí sản phẩm dở dang và việc kết chuyển giá vốn tương ứng với sản phẩm đã bán.

Sai sót 7: Trích khấu hao hoặc phân bổ chi phí không phù hợp

Máy móc, thiết bị, phần mềm và những khoản chi phục vụ nhiều kỳ có thể cần được ghi nhận, khấu hao hoặc phân bổ theo nguyên tắc tương ứng.

Sai sót có thể phát sinh khi doanh nghiệp bắt đầu trích khấu hao không phù hợp với thời điểm tài sản được đưa vào sử dụng, ghi nhận thiếu nguyên giá hoặc hạch toán toàn bộ chi phí nhiều kỳ vào một tháng.

Dấu hiệu nhận biết: Bảng tài sản cố định không khớp sổ cái, tài sản đã đưa vào sử dụng nhưng chưa được theo dõi hoặc chi phí khấu hao tăng bất thường.

Cách xử lý: Kiểm tra hồ sơ mua sắm, nghiệm thu, ngày đưa tài sản vào sử dụng, nguyên giá, thời gian khấu hao và quy định áp dụng.

Doanh nghiệp cần phân biệt chi phí khấu hao kế toán với điều kiện được trừ khi tính thuế TNDN. Những khoản điều chỉnh thuế phải được xác định trên căn cứ cụ thể.

Tiền lương và thuế TNCN: Dữ liệu nhân sự đúng chưa chắc dữ liệu quyết toán đã đúng

Một doanh nghiệp có thể quản lý tiền lương bằng phần mềm nhân sự, nhưng dữ liệu trên sổ kế toán và hồ sơ khai thuế TNCN chưa được đối chiếu đầy đủ.

Đặc biệt, tiền thưởng, khoản thu nhập ngoài lương, khấu trừ thuế và thông tin người phụ thuộc có thể được ghi nhận ở những thời điểm khác nhau.

Sai sót 8: Tổng tiền lương không khớp thu nhập đã kê khai TNCN

Sai lệch có thể xuất phát từ khoản lương chưa chi trả, tiền thưởng được thanh toán vào kỳ sau, phụ cấp hoặc khoản thu nhập có cách xử lý thuế khác nhau.

Không nên mặc định toàn bộ số dư chi phí tiền lương trên sổ phải bằng số thu nhập chịu thuế TNCN đã kê khai.

Dấu hiệu nhận biết: Số tiền trên bảng lương, chứng từ ngân hàng, sổ kế toán và hồ sơ TNCN chênh lệch nhưng chưa có bảng giải thích.

Cách xử lý: Lập bảng đối chiếu theo từng người lao động, thời điểm chi trả, nhóm thu nhập, số thuế đã khấu trừ và kỳ tính thuế tương ứng.

Sai sót 9: Sử dụng mức giảm trừ gia cảnh hoặc biểu thuế của năm trước

Từ kỳ tính thuế năm 2026, mức giảm trừ gia cảnh đối với cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công là 15,5 triệu đồng/tháng cho bản thân và 6,2 triệu đồng/tháng cho mỗi người phụ thuộc theo quy định.

Biểu thuế lũy tiến từng phần áp dụng cho thu nhập từ tiền lương, tiền công của cá nhân cư trú trong kỳ tính thuế 2026 cũng được điều chỉnh từ 7 bậc xuống 5 bậc.

Nguồn: Cổng thông tin Chính phủ – Hướng dẫn quyết toán TNCN năm 2026.

Nếu doanh nghiệp sử dụng lại bảng tính của năm 2025 mà chưa cập nhật thông số, số thuế được xác định có thể không chính xác.

Ngoài ra, cần kiểm tra tình trạng cư trú, hồ sơ người phụ thuộc và điều kiện ủy quyền quyết toán. Không phải mọi cá nhân có thu nhập đều được xử lý theo cùng một phương pháp tính thuế.

>> Xem thêm: Dịch vụ quyết toán thuế TNCN

Sai sót khi tính thuế TNDN: Không chỉ có chi phí bị loại

Hai tỷ lệ 30% và 80% có mục đích, căn cứ và điều kiện áp dụng khác nhau trong kỳ thuế 2026.

Sau khi xác định lợi nhuận kế toán, doanh nghiệp còn phải kiểm tra các khoản điều chỉnh, số lỗ được chuyển, điều kiện ưu đãi và số thuế đã tạm nộp.

Những sai sót ở bước này có thể làm tăng số thuế phải nộp. Ngược lại, việc bỏ sót một chính sách giảm thuế hợp lệ cũng có thể khiến doanh nghiệp xác định nghĩa vụ thuế cao hơn mức thực tế phải nộp.

Sai sót 10: Chuyển lỗ hoặc áp dụng ưu đãi thuế không đúng điều kiện

Doanh nghiệp có số lỗ từ năm trước cần đối chiếu kết quả quyết toán, nguồn hình thành số lỗ và thời hạn chuyển lỗ theo quy định.

Không nên tự động sử dụng số lỗ kế toán để giảm thu nhập tính thuế khi chưa xác định số lỗ được chuyển cho mục đích thuế TNDN.

Đối với ưu đãi thuế, cần kiểm tra dự án, ngành nghề, địa bàn, loại thu nhập và thời gian áp dụng. Một công ty có nhiều hoạt động có thể phải theo dõi riêng thu nhập thuộc diện ưu đãi và không ưu đãi.

Cách xử lý: Lập bảng theo dõi lỗ chuyển kỳ, các khoản điều chỉnh và hồ sơ ưu đãi theo từng năm. Khi có chính sách mới, phải kiểm tra cả điều kiện và quy định chuyển tiếp.

Sai sót 11: Bỏ sót hoặc áp dụng sai chính sách giảm 30% thuế TNDN năm 2026

Đây là điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý khi chuẩn bị quyết toán thuế năm 2026.

Theo Nghị quyết 43/2026/QH16 và Nghị định 398/2026/NĐ-CP ngày 29/10/2026, doanh nghiệp và tổ chức được thành lập theo pháp luật Việt Nam đáp ứng điều kiện về doanh thu năm không quá 10 tỷ đồng có thể được giảm 30% số thuế TNDN phải nộp của kỳ tính thuế năm 2026 và 2027.

Quy định có ngoại lệ đối với một số doanh nghiệp hình thành từ việc chia, tách sau thời điểm nghị quyết có hiệu lực khi tổng doanh thu của các doanh nghiệp sau chia, tách vượt ngưỡng theo quy định.

Nguồn: Nghị định 398/2026/NĐ-CP – Cổng thông tin Chính phủ.

Không được chỉ dựa vào doanh thu bán hàng để kết luận đủ điều kiện giảm thuế.

Theo Điều 3 Nghị định 398/2026/NĐ-CP, doanh thu năm làm căn cứ xác định điều kiện bao gồm doanh thu từ hoạt động bán hàng, cung cấp dịch vụ (không bao gồm các khoản giảm trừ doanh thu theo quy định), doanh thu hoạt động tài chính và thu nhập khác.

Ví dụ giả định:

Nếu các khoản trên được xác định theo đúng phạm vi doanh thu của nghị định, doanh nghiệp có tổng 10,1 tỷ đồng, vượt ngưỡng 10 tỷ đồng. Vì vậy, doanh nghiệp không đủ điều kiện giảm 30% thuế TNDN chỉ dựa trên số doanh thu bán hàng 9,6 tỷ đồng.

Trường hợp doanh nghiệp có đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh, doanh thu xét điều kiện còn bao gồm doanh thu của các đơn vị này thể hiện trên báo cáo tài chính tổng hợp năm theo quy định.

Đối với doanh nghiệp hình thành từ việc chia, tách, cần kiểm tra riêng cách xác định tổng doanh thu của các doanh nghiệp sau chia, tách và điều kiện loại trừ.

Nếu doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN khác, khoản giảm 30% được tính trên số thuế phải nộp sau khi đã trừ ưu đãi theo quy định.

Cách xử lý: Kiểm tra tổng doanh thu theo đúng phạm vi, tư cách đối tượng được giảm, các trường hợp loại trừ và số thuế TNDN thực tế phải nộp.

Sai sót có thể phát sinh theo cả hai chiều: doanh nghiệp đủ điều kiện nhưng bỏ sót chính sách, hoặc doanh nghiệp không đủ điều kiện nhưng vẫn tự giảm số thuế phải nộp.

Sai sót 12: Không kiểm tra mức tạm nộp thuế TNDN 80%

Theo khoản 3 Điều 24 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, đối với trường hợp thuộc diện áp dụng, tổng số thuế TNDN đã tạm nộp của bốn quý không được thấp hơn 80% số thuế TNDN phải nộp theo quyết toán năm do doanh nghiệp tự kê khai.

Khi số tạm nộp thấp hơn mức quy định, doanh nghiệp phải xem xét tiền chậm nộp trên phần thiếu theo thời gian tính được pháp luật xác định.

Nguồn: Nghị định 252/2026/NĐ-CP – Cổng thông tin Chính phủ.

Ví dụ, doanh nghiệp xác định số thuế TNDN phải nộp theo quyết toán là 100 triệu đồng, mức 80% tương ứng 80 triệu đồng. Nếu tổng đã tạm nộp bốn quý chỉ là 60 triệu đồng, khoản chênh lệch so với ngưỡng tạm nộp là 20 triệu đồng.

Ví dụ mang tính minh họa, chưa bao gồm cách tính tiền chậm nộp và các trường hợp áp dụng riêng.

Doanh nghiệp được giảm 30% thuế TNDN cần tính số tạm nộp như thế nào?

Theo khoản 4 Điều 3 Nghị định 398/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp dự kiến doanh thu trong kỳ tính thuế năm 2026 hoặc 2027 không quá 10 tỷ đồng được tự xác định số thuế giảm khi tạm nộp TNDN hằng quý.

Tuy nhiên, doanh thu dự kiến không phải kết quả cuối cùng. Khi quyết toán năm, doanh nghiệp phải đối chiếu với doanh thu thực tế để xác định có còn đáp ứng điều kiện hay không.

Nếu tổng doanh thu thực tế vượt ngưỡng 10 tỷ đồng hoặc không đáp ứng điều kiện khác, doanh nghiệp phải xác định lại nghĩa vụ thuế TNDN và nộp số tiền còn thiếu. Tiền chậm nộp, nếu phát sinh, được xử lý theo quy định tại khoản 3 Điều 24 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Cách xử lý: Đối chiếu số thuế TNDN phải nộp sau khi xác định các ưu đãi, giảm thuế hợp lệ với tổng số thuế đã tạm nộp. Đồng thời, kiểm tra doanh thu thực tế cuối năm trước khi xác nhận mức tạm nộp đã đáp ứng quy định 80%.

Nộp hồ sơ đúng hạn nhưng chưa kiểm tra nội dung cũng là một rủi ro

Không ít doanh nghiệp tập trung hoàn thành hồ sơ trước hạn mà chưa đối chiếu hết các khoản điều chỉnh hoặc chưa xác định đúng loại hồ sơ phải nộp.

Việc nộp thành công trên hệ thống không đồng nghĩa cơ quan thuế đã kiểm tra và chấp thuận toàn bộ nội dung.

Sai sót 13: Nhầm báo cáo tài chính với hồ sơ quyết toán thuế

Báo cáo tài chính không phải tờ khai quyết toán thuế.

Báo cáo tài chính phản ánh tình hình tài chính và kết quả hoạt động theo chế độ kế toán. Hồ sơ quyết toán TNDN được lập để xác định nghĩa vụ thuế theo pháp luật thuế, trong đó có những khoản điều chỉnh không thể hiện bằng cách sửa lợi nhuận kế toán.

Tương tự, thuế GTGT thông thường được kê khai theo kỳ tháng hoặc quý tùy trường hợp. Doanh nghiệp không mặc nhiên có thêm một bộ hồ sơ quyết toán GTGT hằng năm chỉ vì đến kỳ quyết toán TNDN.

Cách xử lý: Lập danh sách nghĩa vụ theo từng sắc thuế, loại hồ sơ, kỳ quyết toán và đối tượng phải thực hiện. Cần phân biệt trách nhiệm quyết toán TNCN của tổ chức trả thu nhập với trường hợp cá nhân trực tiếp quyết toán.

Sai sót 14: Phát hiện sai sau khi nộp nhưng xử lý không đúng thủ tục

Doanh nghiệp có thể phát hiện thiếu doanh thu, sai chi phí hoặc tính sai thuế sau khi hồ sơ quyết toán đã được nộp.

Lúc này, việc sửa sổ kế toán chưa tự động hoàn thành nghĩa vụ khai bổ sung. Ngược lại, không phải mọi sai lệch kế toán đều yêu cầu nộp lại toàn bộ hồ sơ thuế.

Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/07/2026, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp có sai sót được khai bổ sung trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót, nhưng phải đáp ứng điều kiện tương ứng.

Không phải mọi hồ sơ trong thời hạn 5 năm đều được tự ý khai bổ sung.

Doanh nghiệp cần phân biệt những tình huống sau:

• Chưa công bố quyết định thanh tra, kiểm tra: Có thể khai bổ sung nếu đáp ứng các điều kiện của pháp luật.
• Đã có quyết định thanh tra, kiểm tra nhưng hồ sơ nằm ngoài phạm vi hoặc thời kỳ kiểm tra: Cần xác định trường hợp được khai bổ sung theo quy định.
• Sai sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra: Trường hợp làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm các khoản miễn, giảm, hoàn, khấu trừ hay số đã nộp thừa theo quy định, doanh nghiệp phải thực hiện hồ sơ giải trình; việc điều chỉnh hồ sơ khai thuế được thực hiện khi cơ quan thuế chấp thuận theo thủ tục áp dụng.
• Có yêu cầu của cơ quan điều tra không cho khai bổ sung để phục vụ điều tra vụ án: Không được tự ý khai bổ sung trong phạm vi yêu cầu đó.

Ngoài ra, pháp luật còn quy định những trường hợp thực hiện theo kết luận hoặc quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Nguồn: Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 – Tổng hợp điểm mới tại Cổng thông tin Chính phủ.

Việc khai bổ sung làm tăng nghĩa vụ thuế có thể phát sinh tiền thuế phải nộp thêm, tiền chậm nộp và trách nhiệm xử lý khác theo quy định.

Cách xử lý: Xác định sai sót thuộc kỳ nào, ảnh hưởng đến sắc thuế nào, số thuế tăng hay giảm và tình trạng thanh tra, kiểm tra của hồ sơ.

Sau đó mới xác định việc khai bổ sung, giải trình hoặc thực hiện theo kết luận của cơ quan có thẩm quyền. Không nên sử dụng lại máy móc hướng dẫn về thời hạn 10 năm của pháp luật trước đây.

Tình huống minh họa: Một khoản chi sai có thể kéo theo nhiều điều chỉnh

Giả sử doanh nghiệp đã hạch toán một khoản dịch vụ thuê ngoài trong tháng 12 và sử dụng khoản chi này để tính lợi nhuận cuối năm.

Khi kiểm tra hồ sơ, kế toán phát hiện chứng từ chưa đủ để xác nhận công việc đã được thực hiện theo hợp đồng. Khoản thanh toán cũng cần kiểm tra thêm điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt.

Tình huống hoàn toàn giả định, không phải hồ sơ của doanh nghiệp thực tế.

Trong trường hợp này, doanh nghiệp không nên lập tức xóa chi phí khỏi sổ kế toán hoặc tự bổ sung một biên bản nghiệm thu không phản ánh giao dịch thực tế.

Cần xác minh dịch vụ đã cung cấp, đối chiếu chứng từ còn lưu giữ, đánh giá cách ghi nhận kế toán và xác định điều kiện được trừ theo quy định thuế.

Nếu khoản chi không đủ điều kiện được trừ, số thuế TNDN phải nộp có thể thay đổi. Khi đó cũng cần đối chiếu lại số thuế tạm nộp, các khoản giảm thuế đủ điều kiện và nghĩa vụ khai bổ sung nếu hồ sơ đã được nộp.

Sai sót ban đầu có thể chỉ nằm ở một chứng từ, nhưng ảnh hưởng cuối cùng phải được xác định trên toàn bộ chuỗi nghiệp vụ liên quan.

Doanh nghiệp nên kiểm tra sai sót theo thứ tự nào trước khi quyết toán?

Kiểm tra dữ liệu gốc, xác định ảnh hưởng thuế rồi chốt phương án xử lý trước khi nộp hồ sơ.

Không nên xử lý hàng loạt bút toán theo cảm tính hoặc ưu tiên khoản nào dễ sửa trước.

Doanh nghiệp có thể kiểm tra theo ba vòng, bắt đầu từ dữ liệu gốc đến nghĩa vụ thuế.

Vòng 1 – Kiểm tra những dữ liệu chưa thống nhất

Đối chiếu số dư ngân hàng, doanh thu, hóa đơn, công nợ, bảng lương và hàng tồn kho với các hệ thống quản lý liên quan.

Mục tiêu là xác định chênh lệch thực sự, không phải ép tất cả các chỉ tiêu về cùng một số.

Vòng 2 – Phân loại sai sót theo mức độ ảnh hưởng

Những khoản có khả năng làm thay đổi doanh thu tính thuế, chi phí được trừ, số thuế phải nộp hoặc nghĩa vụ kê khai cần được ưu tiên.

Các khoản chênh lệch có cơ sở hợp lệ giữa kế toán và thuế cần được giải thích trong bảng đối chiếu thay vì tự điều chỉnh.

Vòng 3 – Chốt phương án trước khi nộp hồ sơ

Với mỗi sai sót đã xác định, cần ghi rõ nguyên nhân, chứng từ, kỳ phát sinh, phương án xử lý và người chịu trách nhiệm xác nhận.

Khi hồ sơ liên quan đến nhiều năm, cần kiểm tra ảnh hưởng đến số dư đầu kỳ, lỗ được chuyển, báo cáo đã lập và tờ khai đã nộp trước đó.

Bảng ưu tiên xử lý trước kỳ quyết toán

Trong trường hợp doanh nghiệp có nhiều kỳ kế toán chưa hoàn thiện hoặc thiếu chứng từ kéo dài, cần đánh giá khối lượng xử lý tồn đọng trước khi xác định được số liệu quyết toán đáng tin cậy.

>> Xem thêm: Dịch vụ xử lý sổ sách kế toán tồn đọng

Câu hỏi thường gặp về những sai sót khi quyết toán thuế

1. Doanh thu trên báo cáo tài chính khác tờ khai GTGT có phải kê khai sai không?

Không nhất thiết.

Hai chỉ tiêu có thể khác nhau do bản chất giao dịch hoặc thời điểm ghi nhận. Doanh nghiệp cần lập bảng đối chiếu và xác định nguyên nhân trước khi kết luận có sai sót hay không.

2. Hóa đơn đầu vào hợp lệ có chắc chắn được tính vào chi phí được trừ không?

Không.

Doanh nghiệp cần đáp ứng những điều kiện liên quan đến tính thực tế của khoản chi, mục đích kinh doanh, hồ sơ chứng minh, chứng từ và phương thức thanh toán theo quy định áp dụng.

3. Doanh nghiệp kinh doanh thua lỗ có thể quyết toán thuế TNDN sai không?

Có thể.

Doanh nghiệp cần kiểm tra doanh thu, chi phí, khoản lỗ được chuyển và những nghĩa vụ kê khai khác. Việc phát sinh lỗ kế toán không tự động chứng minh hồ sơ thuế đã chính xác.

4. Phát hiện sai sau khi đã nộp hồ sơ quyết toán thì có được sửa không?

Có thể thực hiện khai bổ sung hoặc thủ tục phù hợp nếu đáp ứng điều kiện theo pháp luật quản lý thuế.

Từ ngày 01/07/2026, thời hạn khai bổ sung theo quy định chung là 5 năm, nhưng phải kiểm tra tình trạng thanh tra, kiểm tra, yêu cầu của cơ quan điều tra và các trường hợp đặc thù trước khi thực hiện.

5. Mọi doanh nghiệp có doanh thu dưới 10 tỷ đồng đều được giảm 30% thuế TNDN năm 2026?

Không nên kết luận chỉ từ doanh thu bán hàng.

Doanh nghiệp cần xác định đúng tổng doanh thu theo Nghị định 398/2026/NĐ-CP, bao gồm doanh thu bán hàng, cung cấp dịch vụ, doanh thu tài chính và thu nhập khác theo quy định.

Ngoài ra, phải kiểm tra doanh thu đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh nếu có, đối tượng áp dụng và những trường hợp loại trừ. Khoản giảm 30% được tính trên số thuế phải nộp theo quy định, không phải giảm 30% doanh thu.

6. Quyết toán thuế đã nộp đúng hạn thì có bị yêu cầu giải trình không?

Có thể.

Hồ sơ đã được tiếp nhận không đồng nghĩa mọi số liệu đều được cơ quan thuế kiểm tra và xác nhận. Doanh nghiệp vẫn phải lưu giữ chứng từ và thực hiện nghĩa vụ giải trình khi có yêu cầu hợp pháp.

7. Có cần rà soát lại toàn bộ sổ sách nhiều năm trước khi quyết toán không?

Không phải trường hợp nào cũng cần kiểm tra toàn bộ các năm.

Phạm vi rà soát nên dựa trên kỳ quyết toán, tình trạng dữ liệu và những khoản mục có ảnh hưởng liên kỳ. Khi phát hiện số dư đầu kỳ hoặc giao dịch từ năm trước chưa đúng, cần mở rộng kiểm tra theo vấn đề cụ thể.

Phát hiện sai sót trước khi nộp hồ sơ giúp doanh nghiệp chủ động hơn

Liên hệ Viện Kế Toán cùng đồng hành với doanh nghiệp

Những sai sót thường gặp khi quyết toán thuế không chỉ nằm ở việc tính sai số thuế. Doanh thu ghi nhận không phù hợp, chi phí thiếu căn cứ, hàng tồn kho chưa đối chiếu hoặc sử dụng quy định thuế của năm trước đều có thể ảnh hưởng đến tính chính xác của hồ sơ.

Đối với kỳ tính thuế năm 2026, doanh nghiệp cần chú ý những thay đổi về điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt, thuế TNCN, mức tạm nộp TNDN 80% và chính sách giảm 30% thuế TNDN cho đối tượng đủ điều kiện.

Việc kiểm tra trước khi quyết toán nên bắt đầu từ dữ liệu thực tế, phân loại đúng khoản chênh lệch và xác định phương án xử lý có căn cứ. Đây là cách hạn chế điều chỉnh nhiều lần và tránh mất khả năng giải thích nguồn gốc của số liệu đã nộp.

Nếu doanh nghiệp đang gặp tình trạng số liệu kế toán chưa khớp hồ sơ thuế, chi phí chưa đủ chứng từ hoặc cần kiểm tra nghĩa vụ TNDN trước khi lập hồ sơ, có thể trao đổi với Viện Kế Toán để xác định những khoản mục cần ưu tiên rà soát.

>> Xem thêm: Dịch vụ quyết toán thuế doanh nghiệp

VIỆN KẾ TOÁN

Hotline: 0916 636 419

Địa chỉ: SH-03 Đường NB-D1, Khu Eco Xuân Lái Thiêu, Phường Lái Thiêu, TP. Hồ Chí Minh.

Website: https://vienketoan.vn/

Fanpage: Viện Kế Toán Việt Nam