Hồ Sơ Quyết Toán Thuế Doanh Nghiệp Gồm Những Gì? Checklist Năm 2026

Hồ sơ quyết toán thuế doanh nghiệp gồm tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), báo cáo tài chính năm, các phụ lục theo thực tế phát sinh và hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN) nếu doanh nghiệp thuộc diện phải thực hiện. Ngoài hồ sơ phải nộp, doanh nghiệp cần lưu giữ hóa đơn, chứng từ và sổ sách kế toán để phục vụ đối chiếu, giải trình.

Từ ngày 01/07/2026, hệ thống biểu mẫu khai thuế được cập nhật theo Thông tư 89/2026/TT-BTC. Doanh nghiệp cần xác định đúng thành phần hồ sơ áp dụng cho kỳ quyết toán, tránh sử dụng biểu mẫu cũ hoặc nộp những phụ lục không phát sinh nghĩa vụ.

1. Hồ sơ quyết toán thuế doanh nghiệp gồm những gì?

Một bộ hồ sơ quyết toán thuế cần được phân loại thành ba nhóm: hồ sơ bắt buộc theo nghĩa vụ thuế, hồ sơ bổ sung theo nghiệp vụ phát sinh và tài liệu lưu giữ để chứng minh số liệu. Bảng dưới đây giúp doanh nghiệp xác định nhanh những tài liệu cần chuẩn bị.

Lưu ý: Không phải doanh nghiệp nào cũng phải nộp toàn bộ tài liệu trong bảng. Thành phần hồ sơ phụ thuộc vào phương pháp tính thuế, hoạt động thực tế và quy định áp dụng cho từng kỳ.

Đặc biệt, cần phân biệt hồ sơ khai quyết toán với bộ chứng từ kế toán nội bộ. Hóa đơn, hợp đồng, bảng lương và sổ chi tiết thông thường không phải gửi toàn bộ cùng tờ khai, nhưng phải được lưu giữ và cung cấp khi có yêu cầu hợp pháp.

Căn cứ: Thông tư 89/2026/TT-BTC – Bộ Tài chính.

Hai nhóm hồ sơ quyết toán thuế TNDN và TNCN

2. Hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Đối với doanh nghiệp tính thuế theo phương pháp doanh thu trừ chi phí, hồ sơ quyết toán TNDN thường có ba thành phần chính: tờ khai 03/TNDN, báo cáo tài chính năm và các phụ lục phù hợp.

2.1. Tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu 03/TNDN

Mẫu 03/TNDN sử dụng để xác định nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp của kỳ quyết toán. Nội dung tờ khai phản ánh lợi nhuận kế toán trước thuế, các khoản điều chỉnh tăng hoặc giảm theo pháp luật thuế, thu nhập tính thuế, số thuế TNDN phải nộp và số thuế đã tạm nộp.

Trước khi lập tờ khai, kế toán cần đối chiếu số liệu trên báo cáo tài chính với sổ kế toán và những hồ sơ thuế có liên quan. Những khoản chênh lệch phải được xác định nguyên nhân, không tự điều chỉnh chỉ để các chỉ tiêu bằng nhau.

Từ ngày 01/07/2026, mẫu 03/TNDN được ban hành theo Thông tư 89/2026/TT-BTC. Doanh nghiệp cần sử dụng mẫu đang có hiệu lực cho trường hợp và kỳ quyết toán tương ứng.

2.2. Các phụ lục quyết toán thuế TNDN

Phụ lục quyết toán thuế được lập theo nghiệp vụ thực tế. Doanh nghiệp không phát sinh chuyển lỗ, ưu đãi thuế hoặc hoạt động đặc thù thì không mặc nhiên phải nộp các phụ lục tương ứng.

Với trường hợp hưởng ưu đãi thuế, doanh nghiệp còn cần kiểm tra tài liệu xác định điều kiện ưu đãi, thời gian áp dụng và khoản thu nhập được hưởng ưu đãi. Đối với hoạt động có thu nhập ở nước ngoài, cần kiểm tra chứng từ chứng minh số thuế đã nộp và tài liệu liên quan theo yêu cầu của pháp luật.

Thay đổi cần lưu ý trong năm 2026: Thông tư 89/2026/TT-BTC đã bỏ phụ lục 03-3B/TNDN về ưu đãi đối với dự án đầu tư mở rộng, tích hợp nội dung vào phụ lục 03-3A/TNDN. Đối với các phụ lục 03-1A/TNDN, 03-1B/TNDN và 03-1C/TNDN từng được sử dụng theo bộ biểu mẫu trước đây, doanh nghiệp cần đối chiếu danh mục mới và quy định chuyển tiếp, không mặc định dùng mẫu cũ.

Căn cứ: Thông tư 89/2026/TT-BTC và phụ lục biểu mẫu.

2.3. Báo cáo tài chính năm

Báo cáo tài chính là thành phần quan trọng của hồ sơ quyết toán TNDN đối với doanh nghiệp thuộc diện phải lập và nộp theo quy định. Doanh nghiệp cần xác định đúng chế độ kế toán áp dụng trước khi lựa chọn biểu mẫu báo cáo.

Đối với doanh nghiệp áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC và đáp ứng giả định hoạt động liên tục, bộ báo cáo tài chính năm gồm:

• Báo cáo tình hình tài chính – Mẫu B01-DN.
• Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh – Mẫu B02-DN.
• Báo cáo lưu chuyển tiền tệ – Mẫu B03-DN.
• Bản thuyết minh báo cáo tài chính – Mẫu B09-DN.

Trường hợp không đáp ứng giả định hoạt động liên tục, doanh nghiệp sử dụng bộ biểu mẫu phù hợp theo Thông tư 99. Thông tư này có hiệu lực từ ngày 01/01/2026 và áp dụng cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau thời điểm này.

Với doanh nghiệp nhỏ và vừa áp dụng Thông tư 133/2016/TT-BTC hoặc chế độ kế toán khác, thành phần và mẫu BCTC được xác định theo chế độ tương ứng. Doanh nghiệp thuộc diện kiểm toán bắt buộc cần thực hiện nghĩa vụ báo cáo kiểm toán theo quy định.

Cần phân biệt: Báo cáo tài chính không phải là tờ khai quyết toán thuế. Lợi nhuận kế toán trên báo cáo tài chính có thể khác thu nhập tính thuế TNDN do các khoản điều chỉnh theo pháp luật thuế.

Căn cứ: Thông tư 99/2025/TT-BTC – Công báo Chính phủ.

2.4. Trường hợp doanh nghiệp tính thuế TNDN theo tỷ lệ trên doanh thu

Không phải mọi doanh nghiệp đều sử dụng mẫu 03/TNDN. Đối với đối tượng thuộc diện tính thuế theo tỷ lệ trên doanh thu, cần kiểm tra việc sử dụng mẫu 04/TNDN và thành phần hồ sơ tương ứng.

Vì vậy, trước khi lập quyết toán, doanh nghiệp phải xác định phương pháp tính thuế đang áp dụng thay vì lựa chọn tờ khai chỉ dựa trên loại hình đăng ký kinh doanh.

3. Hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

Doanh nghiệp có phát sinh trả thu nhập từ tiền lương, tiền công cần xác định nghĩa vụ quyết toán thuế TNCN với tư cách tổ chức trả thu nhập. Theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, các biểu mẫu liên quan gồm:

Doanh nghiệp chỉ lập bảng kê phù hợp với đối tượng và thông tin thực tế phát sinh.

3.1. Hồ sơ ủy quyền quyết toán thuế TNCN

Đối với người lao động đủ điều kiện ủy quyền quyết toán, doanh nghiệp cần có giấy ủy quyền mẫu 08/UQ-QTT-TNCN theo quy định. Giấy ủy quyền là căn cứ chứng minh việc doanh nghiệp quyết toán thay; không phải mọi cá nhân nhận lương đều đủ điều kiện hoặc bắt buộc ủy quyền.

3.2. Tài liệu cần đối chiếu khi quyết toán TNCN

• Hợp đồng lao động, hồ sơ nhân sự.
• Bảng lương, bảng thưởng và các khoản thu nhập đã chi trả.
• Chứng từ thanh toán thu nhập.
• Dữ liệu thuế TNCN đã khấu trừ, đã kê khai.
• Hồ sơ người phụ thuộc, giảm trừ gia cảnh.
• Giấy ủy quyền quyết toán khi có phát sinh.

Những tài liệu này giúp đối chiếu tổng thu nhập đã trả, thuế đã khấu trừ và nghĩa vụ quyết toán của tổ chức.

3.3. Không khấu trừ thuế TNCN có phải quyết toán không?

Việc có trả thu nhập nhưng không khấu trừ thuế không tự động làm mất nghĩa vụ quyết toán năm của tổ chức trả thu nhập. Ngược lại, theo khoản 7 Điều 11 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, tổ chức không phát sinh trả thu nhập từ tiền lương, tiền công trong năm thuộc trường hợp không phải nộp hồ sơ quyết toán TNCN tương ứng.

Cần phân biệt rõ có trả lương nhưng không khấu trừ thuế với không phát sinh trả lương cả năm.

Căn cứ: Nghị định 252/2026/NĐ-CP – Chính phủ.

Phân biệt hồ sơ phải nộp và chứng từ doanh nghiệp cần lưu

4. Những chứng từ kế toán cần lưu giữ khi quyết toán thuế

Không phải tất cả chứng từ kế toán đều phải nộp kèm hồ sơ quyết toán. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần lưu giữ tài liệu hợp lệ để chứng minh căn cứ hình thành các chỉ tiêu đã kê khai.

4.1. Hồ sơ doanh thu và hóa đơn

• Hóa đơn điện tử đầu ra; hợp đồng bán hàng, cung cấp dịch vụ.
• Biên bản nghiệm thu, bàn giao.
• Chứng từ thu tiền, sao kê ngân hàng.
• Sổ chi tiết doanh thu và công nợ khách hàng.

Doanh nghiệp bán hàng nhiều kênh cần bảo đảm dữ liệu hóa đơn, doanh thu và tiền thanh toán có thể đối chiếu.

4.2. Hồ sơ chi phí và thanh toán

• Hóa đơn đầu vào; hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ.
• Phiếu nhập kho, biên bản giao nhận.
• Chứng từ thanh toán; bảng phân bổ chi phí.

Doanh nghiệp cần kiểm tra điều kiện chi phí được trừ theo quy định áp dụng cho kỳ tính thuế, đặc biệt đối với khoản chi có yêu cầu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

4.3. Hồ sơ hàng tồn kho, tài sản và công nợ

• Sổ chi tiết nhập – xuất – tồn; biên bản kiểm kê.
• Hồ sơ tài sản cố định, công cụ dụng cụ.
• Bảng tính khấu hao, phân bổ.
• Bảng đối chiếu công nợ phải thu, phải trả.

Đây là căn cứ để đối chiếu giá vốn, chi phí và các khoản còn phải thanh toán.

4.4. Sổ sách và hồ sơ thuế đã kê khai

• Sổ cái, sổ chi tiết các tài khoản và bảng cân đối phát sinh.
• Tờ khai thuế đã nộp trong năm; chứng từ nộp ngân sách.
• Thông báo tiếp nhận, chấp nhận hồ sơ.
• Biên bản kiểm tra, quyết định xử lý thuế, hồ sơ khai bổ sung nếu có.

Doanh nghiệp nên lưu dữ liệu điện tử theo từng năm tài chính, bảo đảm có thể truy xuất khi cần kiểm tra hoặc giải trình.

>> Xem thêm: Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước quyết toán thuế 2026?

5. Hồ sơ bổ sung theo từng trường hợp đặc thù

5.1. Doanh nghiệp có số lỗ được chuyển từ các năm trước

Doanh nghiệp cần kiểm tra số lỗ còn được chuyển, năm phát sinh và thời hạn chuyển lỗ theo quy định. Trường hợp đủ điều kiện, lập phụ lục 03-2/TNDN và lưu tài liệu chứng minh số liệu.

5.2. Doanh nghiệp thuộc diện ưu đãi thuế TNDN

Doanh nghiệp cần xác định khoản thu nhập được ưu đãi, điều kiện hưởng và thời gian áp dụng trước khi kê khai. Ngoài phụ lục ưu đãi, cần lưu tài liệu chứng minh; với dự án đầu tư mở rộng, kiểm tra thêm nghĩa vụ về thông tin vốn đầu tư theo trường hợp áp dụng.

5.3. Doanh nghiệp có giao dịch liên kết

Theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp thuộc diện kê khai giao dịch liên kết phải thực hiện nghĩa vụ kê khai thông tin theo các phụ lục tương ứng và nộp cùng tờ khai quyết toán thuế TNDN, trừ các trường hợp được miễn hoặc có yêu cầu riêng.

Hồ sơ kê khai gồm các phụ lục thông tin về quan hệ và giao dịch liên kết phải nộp. Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết có thể gồm hồ sơ quốc gia, hồ sơ toàn cầu và tài liệu chuyên môn khác, được lập, lưu giữ hoặc cung cấp theo nghĩa vụ cụ thể.

Doanh nghiệp đủ điều kiện miễn lập hồ sơ xác định giá vẫn phải kiểm tra nghĩa vụ kê khai và căn cứ miễn trừ tương ứng.

5.4. Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia

Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia không phải phụ lục mặc nhiên nộp cùng tờ khai TNDN của mọi doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Theo Điều 19 Nghị định 255/2026/NĐ-CP, báo cáo áp dụng cho trường hợp đáp ứng điều kiện liên quan đến tập đoàn đa quốc gia và ngưỡng doanh thu hợp nhất toàn cầu.

Thời hạn nộp thông thường chậm nhất 12 tháng kể từ ngày kết thúc năm tài chính của công ty mẹ tối cao của năm báo cáo; cần kiểm tra nghĩa vụ thông báo riêng nếu thuộc trường hợp áp dụng.

Căn cứ: Nghị định 255/2026/NĐ-CP – Chính phủ.

6. Doanh nghiệp không có doanh thu, bị lỗ hoặc tạm ngừng cần hồ sơ gì?

6.1. Doanh nghiệp không phát sinh doanh thu

Không có doanh thu không tự động đồng nghĩa được miễn quyết toán. Doanh nghiệp vẫn hoạt động có thể phát sinh chi phí văn phòng, ngân hàng, tiền lương hoặc nghiệp vụ kế toán khác và phải xem xét nghĩa vụ lập hồ sơ tương ứng.

6.2. Doanh nghiệp kinh doanh bị lỗ

Doanh nghiệp thuộc diện phải quyết toán vẫn cần khai quyết toán dù không phát sinh thuế TNDN phải nộp. Số lỗ cần được xác định trung thực, làm căn cứ xem xét chuyển lỗ cho các kỳ sau theo quy định.

6.3. Doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh

Theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP, người nộp thuế tạm ngừng đúng quy định có thể không phải nộp hồ sơ khai thuế trong thời gian tạm ngừng, trừ trường hợp quy định riêng. Nếu tạm ngừng không trọn kỳ tháng, quý, năm dương lịch hoặc năm tài chính, doanh nghiệp phải kiểm tra nghĩa vụ khai và quyết toán tương ứng.

Nghĩa vụ lập và lưu giữ báo cáo tài chính cần xem xét riêng theo pháp luật kế toán, không suy ra từ quy định miễn nộp tờ khai thuế.

Căn cứ: Nghị định 252/2026/NĐ-CP – Chính phủ.

7. Checklist kiểm tra hồ sơ quyết toán thuế trước khi nộp

Sau khi xác định thành phần hồ sơ, doanh nghiệp nên kiểm tra lần cuối để tránh thiếu phụ lục, sử dụng sai biểu mẫu hoặc gửi hồ sơ chưa thống nhất số liệu.

• ☐ Xác định đúng kỳ quyết toán, mã số thuế và phương pháp tính thuế.
• ☐ Kiểm tra mẫu tờ khai 03/TNDN hoặc mẫu tương ứng.
• ☐ Hoàn thiện báo cáo tài chính theo chế độ kế toán áp dụng.
• ☐ Kiểm tra phụ lục chuyển lỗ, ưu đãi và hồ sơ đặc thù nếu phát sinh.
• ☐ Xác định nghĩa vụ kê khai giao dịch liên kết.
• ☐ Đối chiếu lợi nhuận kế toán và các khoản điều chỉnh TNDN.
• ☐ Kiểm tra số thuế TNDN đã tạm nộp, số còn phải nộp.
• ☐ Xác định nghĩa vụ quyết toán TNCN của tổ chức trả thu nhập.
• ☐ Hoàn thiện bảng kê TNCN và giấy ủy quyền theo trường hợp áp dụng.
• ☐ Kiểm tra chữ ký số, cơ quan thuế tiếp nhận và kỳ kê khai.
• ☐ Gửi hồ sơ điện tử trong thời hạn quy định.
• ☐ Lưu tờ khai, phụ lục, thông báo tiếp nhận và kết quả xử lý.

Lưu ý: Thông báo tiếp nhận không đồng nghĩa hồ sơ đã được chấp nhận hoàn tất. Doanh nghiệp cần tiếp tục kiểm tra kết quả xử lý trên hệ thống thuế điện tử.

Kiểm tra biểu mẫu, phụ lục và thời hạn trước khi nộp hồ sơ

8. Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế doanh nghiệp năm 2026

Theo khoản 5 Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế năm thông thường là ngày cuối cùng của tháng thứ ba kể từ ngày kết thúc kỳ quyết toán. Với doanh nghiệp có năm tài chính trùng năm dương lịch, những mốc cần lưu ý là:

Đối với cá nhân trực tiếp quyết toán TNCN năm 2026, mốc 30/04/2027 trùng dịp nghỉ lễ. Ngày hết hạn thực tế cần xác định theo quy định về ngày nghỉ và ngày làm việc tiếp theo, không mặc định 30/04 là ngày cuối cùng phải hoàn tất.

Doanh nghiệp có năm tài chính khác năm dương lịch xác định thời hạn TNDN theo ngày kết thúc kỳ quyết toán tương ứng. Với trường hợp chấm dứt hoạt động, giải thể, phá sản, chia, tách, sáp nhập hoặc hợp nhất, thời hạn có quy định riêng, thông thường là ngày thứ 45 kể từ quyết định liên quan, đồng thời phải đối chiếu điều kiện cụ thể.

Căn cứ: Quy định thời hạn nộp hồ sơ khai thuế – Cổng thông tin Chính phủ.

9. Câu hỏi thường gặp về hồ sơ quyết toán thuế doanh nghiệp

9.1. Hồ sơ quyết toán TNDN có bắt buộc phải có báo cáo tài chính không?

Đối với doanh nghiệp thuộc diện phải lập và nộp BCTC, báo cáo tài chính là thành phần quan trọng của hồ sơ quyết toán TNDN. Cần xác định theo đối tượng và chế độ kế toán áp dụng.

9.2. Doanh nghiệp không có doanh thu có phải quyết toán không?

Không phát sinh doanh thu không tự động đồng nghĩa được miễn quyết toán. Cần xét tình trạng hoạt động và trường hợp miễn hồ sơ theo quy định.

9.3. Doanh nghiệp bị lỗ có phải nộp tờ khai TNDN không?

Thông thường vẫn phải thực hiện nghĩa vụ quyết toán nếu thuộc diện phải nộp, dù số thuế phải nộp bằng không. Cần phân biệt nghĩa vụ khai với nghĩa vụ nộp tiền thuế.

9.4. Có phải nộp toàn bộ hóa đơn đầu vào, đầu ra không?

Thông thường không phải nộp toàn bộ hóa đơn cùng tờ khai quyết toán. Chứng từ phải được lưu giữ, đối chiếu và cung cấp khi có yêu cầu hợp pháp.

9.5. Phụ lục chuyển lỗ có bắt buộc không?

Chỉ sử dụng khi có số lỗ đủ điều kiện cần kê khai chuyển sang kỳ tính thuế hiện tại; không phải doanh nghiệp nào cũng cần lập.

9.6. Doanh nghiệp không có nhân viên có phải quyết toán TNCN không?

Cần kiểm tra thực tế chi trả thu nhập. Tổ chức không phát sinh trả thu nhập từ tiền lương, tiền công trong năm thuộc trường hợp không phải nộp hồ sơ quyết toán TNCN tương ứng.

9.7. Báo cáo tài chính và tờ khai quyết toán có giống nhau không?

Không. Báo cáo tài chính phản ánh tình hình tài chính theo chế độ kế toán; tờ khai quyết toán được lập để xác định nghĩa vụ thuế.

9.8. Nộp xong hồ sơ đồng nghĩa cơ quan thuế đã kiểm tra xong?

Không. Việc nộp và được tiếp nhận không đồng nghĩa cơ quan thuế đã kiểm tra và xác nhận tính chính xác toàn bộ số liệu doanh nghiệp.

9.9. Hồ sơ đã nộp có thể khai bổ sung không?

Khi phát hiện sai sót, doanh nghiệp cần xác định nội dung và kỳ tính thuế bị ảnh hưởng để khai bổ sung theo quy định; trường hợp đã có hoạt động thanh tra, kiểm tra cần xử lý theo quy định riêng.

9.10. Có thể nộp tờ khai trước, báo cáo tài chính sau không?

Cần bảo đảm đầy đủ thành phần hồ sơ theo quy định. Không nên tự tách hoặc trì hoãn thành phần bắt buộc khi chưa xác định rõ căn cứ pháp lý.

9.11. Có hồ sơ quyết toán thuế GTGT hằng năm không?

Thuế GTGT thông thường kê khai theo kỳ tháng hoặc quý, không mặc nhiên có bộ hồ sơ quyết toán GTGT năm như TNDN. Doanh nghiệp vẫn nên đối chiếu dữ liệu GTGT khi khóa sổ.

9.12. Có bắt buộc thuê dịch vụ quyết toán thuế không?

Không. Doanh nghiệp có thể tự thực hiện khi đủ nhân sự và năng lực; dịch vụ hỗ trợ là lựa chọn theo nhu cầu thực tế.

10. Hỗ trợ hoàn thiện hồ sơ quyết toán thuế tại Viện Kế Toán

Liên hệ Viện Kế Toán cùng đồng hành với doanh nghiệp

Chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế doanh nghiệp đúng quy định không chỉ là chọn đúng biểu mẫu. Số liệu sử dụng phải có căn cứ từ hệ thống kế toán và chứng từ thực tế.

Với doanh nghiệp thiếu hồ sơ, thay đổi nhân sự kế toán hoặc có khoản mục chưa rõ, việc kiểm tra trước khi nộp giúp xác định chứng từ cần bổ sung và hạn chế khai điều chỉnh không cần thiết.

Viện Kế Toán hỗ trợ theo tình trạng hồ sơ thực tế: kiểm tra thành phần hồ sơ, đối chiếu số liệu, xác định phụ lục cần lập, hỗ trợ tờ khai TNDN/TNCN và hướng dẫn lưu trữ, bàn giao theo phạm vi thỏa thuận. Dịch vụ không mặc định bao gồm rà soát toàn bộ nhiều năm hoặc đại diện làm việc với cơ quan thuế trong mọi trường hợp.

>> Xem thêm: Dịch vụ quyết toán thuế doanh nghiệp – Viện Kế Toán

Thông tin liên hệ Viện Kế Toán:
Hotline 0916 636 419
Website https://vienketoan.vn/
Địa chỉ SH-03 Đường NB-D1, Khu Eco Xuân Lái Thiêu, Phường Lái Thiêu, TP. Hồ Chí Minh.