02 Lưu Ý Quan Trọng Khi Khai Bổ Sung Hồ Sơ Khai Thuế Năm 2025

Từ ngày 01/01/2025, việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế của doanh nghiệp sẽ có những thay đổi quan trọng theo quy định mới. Điểm đáng chú ý là người nộp thuế sẽ không được khai bổ sung nếu cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của mình. Đây là quy định mới được ghi nhận tại Luật số 56/2024/QH15 sửa đổi, bổ sung Luật Quản lý thuế 2019 và hướng dẫn chi tiết tại Công văn 3034/CT-CS ngày 08/8/2025 của Cục Thuế.

Bài viết dưới đây sẽ phân tích chi tiết 02 lưu ý khi khai bổ sung hồ sơ khai thuế 2025, các trường hợp được phép khai bổ sung, đồng thời chỉ ra những quy định cần thiết khi việc bổ sung làm thay đổi số tiền thuế phải nộp.

1. Hai lưu ý quan trọng khi khai bổ sung hồ sơ khai thuế năm 2025

Theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 (được sửa đổi bởi Luật số 56/2024/QH15), từ năm 2025, người nộp thuế cần nắm rõ hai nguyên tắc cơ bản sau:

Thứ nhất, đối với hồ sơ khai thuế trước ngày 01/01/2025:
Trong trường hợp sau khi cơ quan thuế đã ban hành kết luận hoặc quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, nếu người nộp thuế phát hiện sai sót mà việc khai bổ sung dẫn đến giảm số thuế phải nộp, tăng số thuế được khấu trừ, miễn, giảm hoặc hoàn thì sẽ không được khai bổ sung trực tiếp. Thay vào đó, doanh nghiệp cần thực hiện thủ tục giải quyết khiếu nại về thuế theo đúng quy định pháp luật.

Thứ hai, đối với hồ sơ khai thuế từ ngày 01/01/2025:
Người nộp thuế nếu phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp có sai sót thì được phép khai bổ sung trong thời hạn 10 năm kể từ ngày kết thúc thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót. Tuy nhiên, việc này chỉ được thực hiện nếu:

Cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền chưa công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.
Hồ sơ sai sót không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế được ghi rõ trong quyết định.

Như vậy, quy định mới đã siết chặt hơn về thời điểm được khai bổ sung, đồng thời tạo hành lang pháp lý rõ ràng để doanh nghiệp có trách nhiệm hơn trong việc kê khai thuế ngay từ đầu.

2. Các trường hợp được phép khai bổ sung hồ sơ khai thuế năm 2025

Từ năm 2025, người nộp thuế chỉ được khai bổ sung trong phạm vi cho phép, cụ thể:

Hồ sơ khai thuế được phát hiện có sai sót trước khi có quyết định thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế.
Hồ sơ có sai sót nhưng không nằm trong phạm vi, thời kỳ mà cơ quan thuế đã quyết định thanh tra, kiểm tra.

Đối với những nội dung nằm trong phạm vi thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp không được khai bổ sung độc lập mà chỉ có thể bổ sung hồ sơ giải trình hoặc tuân thủ kết luận, quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế, cơ quan thanh tra hoặc cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền.

Quy định này được xây dựng nhằm ngăn chặn tình trạng lợi dụng việc khai bổ sung để điều chỉnh sai phạm sau khi cơ quan chức năng đã vào cuộc kiểm tra.

3. Lưu ý khi khai bổ sung làm thay đổi số thuế phải nộp

Theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019 (sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 56/2024/QH15), trong trường hợp khai bổ sung dẫn đến thay đổi số thuế, người nộp thuế cần lưu ý:

Trường hợp làm tăng số thuế phải nộp:
Người nộp thuế phải nộp thêm số thuế chênh lệch và đồng thời phải nộp tiền chậm nộp tính trên số thuế tăng thêm. Thời gian tính từ ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn nộp thuế kỳ tính thuế có sai sót cho đến trước ngày nộp đủ số thuế phát sinh bổ sung.

Trường hợp làm giảm số thuế đã được hoàn:
Người nộp thuế phải nộp lại số thuế đã được hoàn sai kèm tiền chậm nộp tính từ ngày nhận tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.

Mức tiền chậm nộp áp dụng:

0,03%/ngày tính trên số tiền chậm nộp.
Thời gian tính liên tục cho đến ngày ngay trước khi số tiền được nộp lại đầy đủ vào ngân sách.

Điều này có nghĩa, việc khai bổ sung không chỉ đơn thuần là điều chỉnh hồ sơ mà còn có thể phát sinh trách nhiệm tài chính bổ sung, do đó doanh nghiệp cần thận trọng và rà soát kỹ trước khi thực hiện.

Kết luận

Như vậy, từ ngày 01/01/2025, các quy định mới về khai bổ sung hồ sơ khai thuế đã đặt ra những yêu cầu chặt chẽ hơn nhằm tăng cường tính minh bạch trong quản lý thuế. Doanh nghiệp chỉ được khai bổ sung trong một số trường hợp nhất định và phải tuân thủ thời hạn 10 năm theo quy định. Đồng thời, nếu việc khai bổ sung làm thay đổi số thuế phải nộp hoặc số thuế đã được hoàn, doanh nghiệp cần thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính phát sinh, bao gồm cả tiền chậm nộp. Việc nắm vững và áp dụng đúng các quy định này sẽ giúp doanh nghiệp không chỉ tuân thủ pháp luật mà còn chủ động phòng tránh rủi ro, bảo vệ quyền lợi và uy tín trong hoạt động kinh doanh.

Nếu cần hỗ trợ, hãy liên hệ với đội ngũ pháp lý chuyên nghiệp của Viện Kế Toán qua HOTLINE: 0916.636.419 để được tư vấn và hỗ trợ nhanh chóng, tận tâm.

Xem thêm các dịch vụ của Viện Kế Toán tại:
>> Dịch vụ kê khai thuế ban đầu;
>> Dịch vụ gỡ rối sổ sách kế toán;
>> Dịch vụ quyết toán thuế TNDN
>> Dịch vụ báo cáo thuế, BCTC cuối năm
>> Dịch vụ kế toán trọn gói