Chi tiết trường hợp áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT theo quy định mới nhất 2025

Từ ngày 01/7/2025, phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) tiếp tục là một trong hai phương pháp tính thuế chủ yếu được pháp luật Việt Nam áp dụng, đặc biệt đối với các doanh nghiệp có quy mô vừa và lớn.

Theo quy định tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP, phương pháp khấu trừ thuế GTGT được áp dụng đối với những cơ sở kinh doanh đáp ứng điều kiện cụ thể về doanh thu, chế độ kế toán, hóa đơn và chứng từ.

Để giúp doanh nghiệp hiểu rõ hơn về phương pháp này, bài viết dưới đây sẽ trình bày chi tiết các trường hợp áp dụng, cách xác định số thuế phải nộp, cũng như giá tính thuế GTGT trong hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ.

Phương pháp khấu trừ thuế GTGT là gì?

Phương pháp khấu trừ thuế GTGT là cách tính thuế dựa trên sự chênh lệch giữa thuế GTGT đầu ra và thuế GTGT đầu vào. Đây là phương pháp phù hợp với các tổ chức, doanh nghiệp có hệ thống kế toán rõ ràng, minh bạch và có khả năng hạch toán chi tiết các khoản thu, chi liên quan đến thuế GTGT.

Cụ thể, theo Điều 20 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, số thuế GTGT phải nộp trong kỳ được xác định theo công thức: Số thuế GTGT phải nộp bằng số thuế GTGT đầu ra trừ đi số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.

Trong đó, thuế GTGT đầu ra được tính trên tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ chịu thuế mà doanh nghiệp bán ra trong kỳ. Giá trị này được thể hiện rõ ràng trên hóa đơn giá trị gia tăng. Nếu doanh nghiệp sử dụng hóa đơn ghi giá bán đã bao gồm thuế GTGT thì giá chưa thuế sẽ được xác định bằng cách lấy giá thanh toán chia cho tổng (1 cộng với thuế suất GTGT áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ đó).

Còn thuế GTGT đầu vào là số thuế doanh nghiệp đã nộp khi mua hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh, được thể hiện trên hóa đơn đầu vào, chứng từ nộp thuế nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế dịch vụ từ nhà cung cấp nước ngoài. Điều kiện khấu trừ thuế đầu vào là hóa đơn, chứng từ hợp pháp, có thanh toán không dùng tiền mặt với giá trị từ 20 triệu đồng trở lên và phục vụ hoạt động chịu thuế.

Đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT

Theo quy định tại Điều 21 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, phương pháp khấu trừ thuế GTGT chỉ được áp dụng đối với các cơ sở kinh doanh đáp ứng điều kiện về doanh thu và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật. Dưới đây là các nhóm đối tượng cụ thể.

Doanh nghiệp có doanh thu hàng năm từ 01 tỷ đồng trở lên

Các cơ sở kinh doanh có doanh thu từ việc bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ đạt từ 01 tỷ đồng trở lên trong một năm sẽ được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT nếu đồng thời đáp ứng yêu cầu về kế toán, hóa đơn và chứng từ.

Doanh thu được xác định căn cứ vào tổng cộng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra chịu thuế giá trị gia tăng” được kê khai từ tháng 11 năm trước đến tháng 10 năm hiện tại (hoặc từ quý IV năm trước đến quý III năm nay nếu kê khai theo quý). Doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ theo doanh thu sẽ giữ ổn định phương pháp này trong thời gian 2 năm liên tục.

Doanh nghiệp mới thành lập chưa hoạt động đủ 12 tháng

Trường hợp doanh nghiệp mới thành lập trong năm và chưa hoạt động đủ 12 tháng, thì doanh thu được xác định theo công thức ước tính: lấy tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra chịu thuế GTGT trong các tháng đã hoạt động chia cho số tháng hoạt động, sau đó nhân với 12.

Nếu doanh thu ước tính đạt từ 01 tỷ đồng trở lên, doanh nghiệp sẽ áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT. Trường hợp doanh thu ước tính dưới ngưỡng này thì sẽ phải áp dụng phương pháp trực tiếp trong 2 năm, trừ khi doanh nghiệp đăng ký tự nguyện sử dụng phương pháp khấu trừ.

Doanh nghiệp tự nguyện đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ

Một số doanh nghiệp mặc dù không đạt doanh thu 01 tỷ đồng vẫn có thể được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế nếu tự nguyện đăng ký và đáp ứng điều kiện kế toán. Đó là các trường hợp như doanh nghiệp đang hoạt động có doanh thu dưới 01 tỷ đồng nhưng có hệ thống kế toán, hóa đơn, chứng từ hợp lệ; doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở đang áp dụng phương pháp khấu trừ; hoặc doanh nghiệp mới có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp phê duyệt.

Ngoài ra, doanh nghiệp mới thành lập có hoạt động đầu tư mua sắm tài sản cố định, công cụ dụng cụ hoặc góp vốn bằng tài sản, máy móc, thiết bị cũng được quyền đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế. Trường hợp doanh nghiệp có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh hợp pháp, có nhu cầu phát triển hoạt động chịu thuế GTGT, cũng được xem xét thuộc đối tượng đăng ký phương pháp khấu trừ.

Tổ chức, cá nhân nước ngoài có phát sinh doanh thu tại Việt Nam

Tổ chức nước ngoài có cơ sở thường trú tại Việt Nam hoặc cá nhân cư trú tại Việt Nam nếu phát sinh doanh thu từ hoạt động kinh doanh tại Việt Nam sẽ phải nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Ngoài ra, tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp dịch vụ hoặc hàng hóa phục vụ hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí, khai thác dầu khí cũng thuộc diện nộp thuế theo phương pháp khấu trừ. Trong những trường hợp này, bên phía Việt Nam sẽ có trách nhiệm kê khai, khấu trừ và nộp thuế thay cho đối tác nước ngoài.

Chi nhánh của doanh nghiệp đang áp dụng phương pháp khấu trừ

Các chi nhánh mới thành lập của doanh nghiệp đang thực hiện phương pháp tính thuế GTGT theo khấu trừ cũng sẽ tiếp tục áp dụng phương pháp này nếu có đăng ký khai thuế GTGT riêng. Trong trường hợp chi nhánh được thành lập từ dự án đầu tư của doanh nghiệp mẹ hoặc là đơn vị trực thuộc có doanh thu phát sinh độc lập, thì việc áp dụng phương pháp tính thuế sẽ căn cứ vào phương pháp của doanh nghiệp mẹ đang sử dụng.

Giá tính thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ

Giá tính thuế GTGT là cơ sở để xác định số thuế phải nộp. Theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, trong trường hợp doanh nghiệp sử dụng hóa đơn ghi giá thanh toán đã bao gồm thuế GTGT, thì giá tính thuế được xác định bằng giá thanh toán chia cho (1 + thuế suất). Ví dụ, nếu giá bán một sản phẩm là 110.000 đồng (bao gồm 10% thuế GTGT), thì giá chưa có thuế sẽ là 100.000 đồng, còn thuế GTGT đầu ra là 10.000 đồng.

Đối với hàng hóa nhập khẩu, giá tính thuế GTGT là giá nhập khẩu cộng với thuế nhập khẩu (nếu có) và các chi phí khác liên quan theo quy định. Trong khi đó, với các dịch vụ do tổ chức nước ngoài cung cấp, giá tính thuế là giá dịch vụ chưa có thuế GTGT, được thể hiện trên hợp đồng và các chứng từ thanh toán hợp pháp. Tất cả các trường hợp đều phải đảm bảo rằng hóa đơn, chứng từ được lập hợp lệ, chính xác, đúng thời điểm phát sinh và phục vụ mục đích sản xuất, kinh doanh chịu thuế.

Kết luận

Phương pháp khấu trừ thuế GTGT là lựa chọn ưu việt cho các doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh ổn định, doanh thu lớn và hệ thống kế toán rõ ràng. Việc áp dụng đúng phương pháp không chỉ giúp tiết kiệm chi phí thuế mà còn đảm bảo minh bạch trong hoạt động tài chính, thuận lợi trong quá trình kiểm tra, quyết toán thuế. Từ ngày 01/7/2025, các quy định mới tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Luật Thuế GTGT 2024 đã làm rõ điều kiện, đối tượng, cách tính thuế và giá tính thuế, tạo hành lang pháp lý minh bạch, giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc lập kế hoạch và thực hiện nghĩa vụ thuế đúng quy định.

Nếu bạn là doanh nghiệp mới thành lập hoặc có hoạt động kinh doanh liên quan đến đầu tư, mua sắm tài sản, hãy cân nhắc áp dụng phương pháp khấu trừ để tối ưu hóa hiệu quả thuế và tài chính trong dài hạn.

Nếu cần hỗ trợ, hãy liên hệ với đội ngũ pháp lý chuyên nghiệp của Viện Kế Toán qua HOTLINE: 0916.636.419 để được tư vấn và hỗ trợ nhanh chóng, tận tâm.

Xem thêm các dịch vụ của Viện Kế Toán tại:
>> Dịch vụ kê khai thuế ban đầu;
>> Dịch vụ gỡ rối sổ sách kế toán;
>> Dịch vụ quyết toán thuế TNDN
>> Dịch vụ báo cáo thuế, BCTC cuối năm
>> Dịch vụ kế toán trọn gói